| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 1,877,749 | A→T | 12.9% | L121F (TTA→TTT) | nimT → | 2‑nitroimidazole transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,877,749 | 0 | A | T | 12.9% | 348.8 / 9.8 | 125 | L121F (TTA→TTT) | nimT | 2‑nitroimidazole transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/71); new base T (15/2); total (52/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGC‑GGTGGGATTGCATTAGGCAATGT‑CTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCG‑CCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACT‑GGGATCGGCTATGGTCGTG‑CCGCTGGC‑TTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCG > NC_007779/1877513‑1877987 | gCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCCTTGGC‑GGTGGGTGTGTTTTTAGCAATGT‑CTTTCt > 2:900181/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |