| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 2176982 | 0 (0.000) | 193 (1.180) | 94/424 | NT | 100% | intergenic (‑2/‑33) | gatA/Y75_RS10980 | PTS galactitol transporter subunit IIA/IS5‑like element IS5 family transposase |
| ? | NC_007779 | 2178182 = | 0 (0.000) | pseudogene (202/207 nt) | gatA | PTS galactitol transporter subunit IIA | |||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GATAACCAACTGGCGATGTTATTCACGCTGGCCAACCTGTTTCGGGCGGACCAAATGATACGTCAGTGGGAGAGATCTCACTAAAAACTGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCTTAGCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCTGTGGCCAGGTATCATGAACCACACCTTTGGCGAGCATCTCATTACCGATATGGGTTAAAACTTCGCTACGATCGACAAAAGAAATTCCGCTACGAACAAACAGGTTAGTCATATACCGTCCTTATTCCGCACAGCCGTAGCGATAGGC > NC_007779/2177948‑2178419 | aaacatactttgtgaagtattcctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGa > 2:247599‑M2/235‑239 (MQ=255)aaacatactttgtgaagtatacctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGa > 2:1921429‑M2/235‑239 (MQ=255) actttgtgaagtattcctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCg > 1:1615389‑M2/229‑237 (MQ=255) ctttgtgaagtattcctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCt < 1:1205489‑M2/12‑1 (MQ=255) tgtgaagtattcctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTcac > 1:108723‑M2/225‑239 (MQ=255) tgtgaagtattcctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTcac > 1:1220073‑M2/225‑239 (MQ=255) tgtgaagtattcctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTcac > 2:542250‑M2/225‑239 (MQ=255) agtattcctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGc < 1:542250‑M2/20‑1 (MQ=255) tattcctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgccgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCgg < 2:1803789‑M2/22‑1 (MQ=255) ctttaactgggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTAtt > 1:711779‑M2/213‑238 (MQ=255) 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ggtttcaggaagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGt > 2:509510‑M2/204‑239 (MQ=255) ttcaggaggattgattagtgtctcgacgatatcgggatgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaaggcaataaccaccgatcccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGtgc < 1:1582830‑M2/38‑1 (MQ=255) aagagtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCa < 2:1615389‑M2/44‑1 (MQ=255) agtgattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCa > 2:1583719‑M2/192‑239 (MQ=255) agagattagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCa > 2:1826901‑M2/192‑239 (MQ=255) attagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTa > 1:1056812‑M2/188‑238 (MQ=255) attagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTa > 1:1200501‑M2/188‑238 (MQ=255) attagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATACCGTGCTGCTCAAGCATTa > 2:1264397‑M2/188‑238 (MQ=255) attagtgtctcgacgatatcgggctgttgtaacttgccaaataaaaagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaaacaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcctcatccgcttgctcaaaatgaactttatttgatggccttaacagacaaatggttgacgacttagCATGATTCGCCTCACAATGCGGTATTGCACTAGCGTGCTTctcaagactta > 2:818420‑M2/188‑233 (MQ=255) 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ccaaataaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATg > 1:623817‑M2/152‑238 (MQ=255) taaacagcgtaaaagtttcaattgctgctgcggattttccacaatcaacgcaataaccaacgataccgccacgtcgttatcatcatccgcttgctgaaaatgaactttatttgttggccttaacagataaatggctgacgacttagCATGAATCGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCATTATCCCGGTAGGGAATTCTGCTTCTCTGGCAATTAATGCCtgtg < 1:55560‑M2/93‑1 (MQ=255) aacagggtgagagattcaattggtgttgcggattatccccaaacaacggaaaaaacaacgttaccgccacgtcgttaacatcatccgcttgctgaaaatgaactctatttgttggcattaacagataaatggctgacgacttagCATGAAACGCCTCACAATGCGGTATTGCAATAGCGTGCTGCTCAAGCAGTATCCCGGTAGGGAATTCTGCGTCTCTGGCAATTAATGCCTGtggg < 2:435062‑M2/95‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |