| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 3869484 = | 167 (1.000) | 3 (0.020) | 3/418 | NT | 1.8% | coding (449/1137 nt) | Y75_RS19200 | HlyD family secretion protein |
| ? | NC_007779 | 3869767 = | 159 (0.980) | coding (732/1137 nt) | Y75_RS19200 | HlyD family secretion protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TGCGCGGCAAAATTTCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCACGGCAAACTGACTAGTATTTTACCTGTCGTGCCAGGCGGTTCTTATCAGGCGCAGGGGGTATTGCAATCATTAACGGTCGTGCCCGGCACGGACGGT > NC_007779/3869533‑3870004 | tGCGCGGCAAAATTTCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCg < 1:1686479/238‑1 (MQ=255)tGCGCGGCAAAATTTCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGAAGCTGCCTTGCCg > 2:712190/1‑238 (MQ=255) gcgcGGCAAAATTTCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCt < 1:1249397/239‑1 (MQ=255) gcgcGGCAAAATTTCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCt < 1:1812472/239‑1 (MQ=255) cgcgGCAAAATTTCGTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCCGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGCAATTCGCGCGCCGAGCAATGGCCACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATCCGCAGCCGCCTTGCCGCt > 2:205078/1‑238 (MQ=255) gcgGCAAAATTTCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTg < 1:369821/238‑1 (MQ=255) aaaTTTCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCgg < 1:698962/239‑1 (MQ=255) tttCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGa < 1:1739913/239‑1 (MQ=255) tCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATg < 1:1125734/239‑1 (MQ=255) tGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCTAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAAATCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCTCGCGCCGAGCAATGGCCACTTTACTCAGGTACTGATCCCCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCCGCCTCCGGTGATGATCTTCACCCCCGTGCaaag > 2:1223107/1‑237 (MQ=255) tGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCcaaa > 2:561307/1‑238 (MQ=255) gCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCaa > 1:703943/1‑239 (MQ=255) cGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAAtt > 2:1397065/1‑239 (MQ=255) ggCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTc > 1:1950451/1‑239 (MQ=255) ggCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGAAATCGCAGATTGTGGGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCATACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCGGGTACATAGGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTACGGTGCGGGTACTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTc > 2:112367/1‑239 (MQ=255) gATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTc < 1:1401304/182‑1 (MQ=255) cAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTc < 1:1362352/239‑1 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aGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGtt > 1:630625/1‑238 (MQ=255) aTGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTg < 1:1441647/234‑1 (MQ=255) aTGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAAc < 1:417345/238‑1 (MQ=255) 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cAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGTCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTAc > 2:369705/1‑219 (MQ=255) cAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCACGGc > 2:590778/1‑239 (MQ=255) aaaaTATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCACGGCa < 1:603817/239‑1 (MQ=255) 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cAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGGGATGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCCCGGCAAACTGACTAGTATTTTACCTGTCGCGCCAGGCGGTTCTTATCAGGCTCAGGGGGTATTGCAATCATTACCg > 2:1519859/1‑239 (MQ=255) gTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCACGGCAAACTGACt < 1:929163/173‑1 (MQ=255) tACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCACGGCAAACTGACTAGTATTTTACCTGTCGTGCCAGGCGGTTCTTATCAGGCGCAGGGGGTATTGCAATCATTAACGGt < 1:1525932/237‑1 (MQ=255) tACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCACGGCAAACTGACTAGTATTTTACCTGTCGTGCCAGGCGGTTCTTATCAGGCGCAGGGGGTATTGCaa < 1:763631/222‑1 (MQ=255) 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1:1858566‑M2/235‑1 (MQ=255) cttGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCACGGCAAACTGACTAGTATTTTACCTGTCGTGCCAGGCGGTTCTTATCAGGCGCAGGGGGTATTGCAATCATTAACGGTCGTGCCCGGCacggac < 1:101098‑M2/235‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCACGGCAAACTGACTAGTATTTTACCTGTCGTGCCAGGCGGTTCTTATCAGGCGCAGGGGGTATTGCAATCATTAACGGTCGTGCCCGGCACGGACGGt < 1:1463981‑M2/238‑1 (MQ=255) | TGCGCGGCAAAATTTCCTCGCGCAGGATGCGCTGGTGAAAGGCTCGGTGGCGGAGCAGGCGCAGATCCAGAGCCAGCTCGACAGTATGGTTAACGGCGAGCAATCGCAGATTGTGAGCTTAAGAGCGCAACTTACTGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACTGTCATTCGCGCGCCGAGCAATGGCTACGTTACTCAGGTACTGATCCGCCCAGGTACATACGCAGCTGCCTTGCCGCTGCGTCCGGTGATGGTCTTCATCCCCGAGCAAAAACGGCAAATTGTCGCCCAATTTCGGCAAAACTCGCTGTTACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTGGGCAGGTGTTTCACGGCAAACTGACTAGTATTTTACCTGTCGTGCCAGGCGGTTCTTATCAGGCGCAGGGGGTATTGCAATCATTAACGGTCGTGCCCGGCACGGACGGT > NC_007779/3869533‑3870004 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |