Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 1,260,573 | T→G | 13.8% | V69G (GTG→GGG) | ychH → | stress‑induced protein YchH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 1,260,573 | 0 | T | G | 13.8% | 246.3 / 2.0 | 103 | V69G (GTG→GGG) | ychH | stress‑induced protein YchH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/64); new base G (13/5); total (34/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GTTACAACCCAGAAAGTTCCGGAGGTGACATATGAAACGCAAAAACGCTTCGTTACTCGGTAACGTGCTCATGGGGTTGGGTCTGGTGGTAATGGTGGTCGGCGTGGGGTATTCAATCCTCAACCAGTTACCACAGTTTAATATGCCCCAGTATTTCGCACATGGTGCAGTGCTAAGTATTTTCGTCGGTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGTGCCCGTGTTGGCGGGCATGAAC‑AGGTGTGCGACCGTTACTGGTGGGTTCGCCACTATGACAAACGTTGCCGCCGTAGCGATAATCGCC‑GTCATAGCTAACAAATAATGCAGTTTGCTGACCAGTCAG‑TTTGCGCTGACTGGTCAATCTCGTACTTATAAATCCGCCATCGCCGCGCGACGATTCGGGAAGAACGCCAGGCGTCCCGGGATCGGTTGAATGCCAGCGCGAGCCATAGTGCGCAGTGGCTGGAATTCCACGTTGCA > NC_007779/1260337‑1260811 | gTTACAACCCAGAAAGTTCCGGAGGTGACATATGAAACGCAAAAACGCTTCGTTACTCGGTAACGTGCTCATGGGGTTGGGTCTGGTGGTAATGGTGGTCGGCGTGGGGTATTCAATCCTCAACCAGTTACCACAGTTTAATATGCCCCAGTATTTCGCACATGGTGCAGTGCTAAGTATTTTCGTCGGTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGTGCCCGTGTTGGCGGGCATGAAC‑AGgtgt < 2:105056/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |