Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 1,273,404 | A→T | 21.2% | V8E (GTA→GAA) | chaA ← | sodium‑potassium/proton antiporter ChaA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 1,273,404 | 0 | A | T | 21.2% | 316.9 / 35.1 | 134 | V8E (GTA→GAA) | chaA | sodium‑potassium/proton antiporter ChaA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/102); new base T (27/2); total (30/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-22 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ACTGACTTCAAGAATAACCACTGAAAGGCTAAGAATAAGCGAACCGTAAGGTTCTCCCAGGCGATGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTCCTTGTGGCGGGTTTTTACCGCCTCTTGAGCATTTGACATTAT‑GGTTATCCCTTTGCAGA‑T‑GAATTTATCGAAAATGT‑AAAAAATAGGTAGGAAAAATAACAGAAAGT‑GTCTGGATATCGGTAACATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGC‑ATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCA > NC_007779/1273166‑1273641 | tGACTTCAAGAATAACCACTGAAAGGCTAAGAATAAGCGAACCGTAAGGTTCTCCCAGGCGATGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTCCTTGTGGCGGGTTTTTAcc < 1:191589/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |