Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 1,273,462 | T→A | 8.7% | intergenic (‑36/‑234) | chaA ← / → chaB | sodium‑potassium/proton antiporter ChaA/putative cation transport regulator ChaB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 1,273,462 | 0 | T | A | 8.7% | 615.9 / 5.2 | 182 | intergenic (‑36/‑234) | chaA/chaB | sodium‑potassium/proton antiporter ChaA/putative cation transport regulator ChaB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/120); new base A (16/2); total (60/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GATGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTCCTTGTGGCGGGTTTTTACCGCCTCTTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGAAAATGTAAAAAATAGGTAGGAAAAATAACAGAAAGT‑GTCTGGATATCGGTAACATTTTACGAATTTTTACCCCGCTGTCGATTTTTTACTCATTGGGGC‑ATAAAAATAAGTATTACGTTTAGACAATGTTTGTTTTAGCGTCTCTTAAGAAGAGTCTGACCTGAAAATTCTTATGTTTTGGCAAGAGTAGATATTGTTGACCACACTTAATGTTCAACTTTGTAAAAGGAGTCAACGATG > NC_007779/1273228‑1273698 | tGGGCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATACGCGAAGTCTCCTTGTGGCGGGGCTTTTCCGCCCCTCTAGCAATTGACAATATTGTTATCCCCTTTCAGATAAAATTTTATAAAAAGAaaaa > 1:700836/1‑239 (MQ=255) ggCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTCCTTGTGGCGGGGTTTTTCCCCCCCTTTTTGATTTTTCTATTTTGTTATTCCTTTTCTGATGAAATTATTGAAAATATaaaaaa > 1:285529/1‑239 (MQ=255) ggCTAATACGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTCCTTGTGGCGGGGTTTTAACCCCCCTTGAGCATTTTTCATTATTGTTTTTCCTTTTCCGATGAAATTATTGAAAATGGaaaaaa > 1:778387/1‑239 (MQ=255) cGTCCGCATGACGGACAACACTAAAGGCGCTACTTAAAATACCAATAAGCGCAAGAAGATTGATGGCAATGACCACTGGTAGTGTCTGGCTGCTTCCCCACAGGAACAGCACTACCAGCGCCAGAACCGGGAAAATAAGCGAAGTCTCCTTGTGGCGGGTTTTTACCGCCTCTTGAGCATTTGACATTATGGTTATCCCTTTGCAGATGAATTTATCGAAAATGTAAAAAAtaggtagg < 1:1947470/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |