| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 1,482,657 | C→T | 33.7% | A20V (GCC→GTC) | Y75_RS07450 → | phosphatase PAP2/dual specificity phosphatase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 1,482,657 | 0 | C | T | 33.7% | 170.2 / 165.6 | 174 | A20V (GCC→GTC) | Y75_RS07450 | phosphatase PAP2/dual specificity phosphatase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/63); new base T (32/26); total (85/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
GCACCCTCAACTGGAGATGATTGCCGGGGTGTTAACCAGTCATAAAGATGGTAAACCGTGGGTAATGCGCGTGCGTTCGCAAGGGGAGATGGATTCACTCGTGCGTGATGCCGGATTTGATAAATGCACACAACGGATTGATGAGTGGGGTATTTTTACGGTTTCGATGGCGGTGCGTCGTGATAACTGAACGTCGGAACGTATTGCTACAAGGCGCTGGCTGGTTATTGTTGCTGGCCCCGTTTTTCTTCTTCACCTATGGATCTCTTAATCAGTTCACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCCCCAGTCAGGTATTCGGTTGGGAAACGGCGATCCCTTTTCTTCCCTGGACTATTGTTCCTTACTGGAGTCTGGATCTTTTATATGGATTTTCGCTGTTCGTTTGTAGCACGACATTCGAACAGCGCCGACTTGTCCACCGGCTTATTCTGGCAACGGTAATGG > NC_007779/1482420‑1482893 | gCACCCTCAAATGGAGATGATTGCCGGGGTGTTAACCAGTCATAAAGATGGTAAACCGTGGGTAATGCGCGTGCGTTCGCAAGGGGAGATGGATTCACTCGTGCGTGATGCCGGATTTGATAAATGCACACAACGGATTGATGAGTGGGGTATTTTTACGGTTTCGATGGCGGTGCGTCGTGATAACTGAACGTCGGAACGTATTGCTACAAGGCGCTGGCTGGTTATTGTTGCTGGc > 2:1661448/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |