| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 152,161 | A→G | 40.2% | V24A (GTA→GCA) | yadL ← | fimbrial‑like protein YadL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 152,161 | 0 | A | G | 40.2% | 115.4 / 143.7 | 139 | V24A (GTA→GCA) | yadL | fimbrial‑like protein YadL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/37); new base G (30/26); total (75/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TCGCTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATACCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCCTGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACAGTAGTAATAACGGTCAGTCCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGCTGAACAATGAGGCAGCCAAAACGACACTGCTGGATAATCCATAACGTAAATTTTTAAATGTCATCATAATTATCCTTCTTATTGATAGATGAAATTAAACGTCGCCAGTGCACGAAAATTCCCCGGTACGCCTTGCCCTGCATCTGTTTCACGTAGCGCAACGGTCATTTCAAGACCCTTATCGGGCTGCATCTCGTCTGTGCTCCAGCGTATCTTTTCCGCACTGTTAGGTTT > NC_007779/151926‑152398 | tCGCTTGGTTAATTTTATTTGCGCTTTTTTATTGGGGATTCCCGCACAGTCTTTGAATTTGAGTTTGAATGTTTTTACTTTGGTCTTGGCATTGATTTCAGAAATATATACATCACCAAAATCAACAACAGAAATGTCATGATCAGAGTCATTTACTAATGTAGCGGTACAAGTACCCATTTCTACAGTAGTAATAACGGTCAGTCCAATACTGTCTGTTGCCGCATAAGAGAGTACGc < 1:468409/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |