| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 1,605,637 | T→G | 16.8% | V302G (GTG→GGG) | lsrC → | autoinducer 2 ABC transporter permease LsrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,605,637 | 0 | T | G | 16.8% | 277.3 / 4.2 | 106 | V302G (GTG→GGG) | lsrC | autoinducer 2 ABC transporter permease LsrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/67); new base G (19/2); total (37/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.35e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTGTGTTTGCTTCGCAGATTGGTTTTATCCCCAACCAGACCGGTACCGGGCTGGAGATGAAAGCAATTGCAGCCTGCGTGCTGGGCGGCATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTGGTGCGGTACTCGGCGCATGGTTCCTGACGCA‑GATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTAC‑GGCGGCAAAAATATG‑CCCGCTTTATGACGCCACCG‑CCA‑TCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCG‑TATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGA‑GATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCTCAATATGTTG > NC_007779/1605400‑1605865 | ttGTGTTTGCTTCGTCGATTGGTTTTATCCCCAACCAGACCGGTACCGGTCTGGAGATGAAAGCAATTGCGGCCTGCGTGCTGGGCGACATTAGTTTGCTCGGTGGTTCCGGTGCGATCATTTGTGCGGTACTCTGCTCATGGTTCCTGACGCG‑GATCGATAGCGTACTGGTGCTTTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATTATTTTATCGCGCGTCTGTTTCTGCTGGAGGTGCTtgtg < 2:150737/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |