Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 1,687,275 | T→C | 100% | N343S (AAC→AGC) | fumC ← | class II fumarate hydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 1,687,275 | 0 | T | C | 99.4% | 518.9 / ‑4.2 | 155 | N343S (AAC→AGC) | fumC | class II fumarate hydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (78/75); total (79/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTCACTTTCCCCGGCATGATTGAGCTGCCCGGCTCATTTTCCGGGATTGAGATTTCACCAATTCCGCAGCGCGGGCCAGAGGCCAGCCAGCGGACATCATTGGCGATTTTCATCAGTGACGCAGCCAACCCTTTCAACGCGCCGTGCGCCTGAACCAGGGCATCACAGGTCGCCAGCGCTTCA > NC_007779/1687042‑1687508 | cTTTGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTccc < 1:1012642/238‑1 (MQ=255) ttGTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCAt < 2:511729/239‑1 (MQ=255) gTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCa < 1:847277/239‑1 (MQ=255) gTCATAACCAATGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCa < 1:1799952/239‑1 (MQ=255) aTGTGGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGAcagca < 1:67037/239‑1 (MQ=255) tgtgGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGCTTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGAcagcag > 2:219931/1‑239 (MQ=255) tgtgGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCCCTTCCCTCCCCATCACCTGAcagca > 2:1155774/1‑238 (MQ=255) tgtgGGTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATCCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGAcagcag > 2:321689/1‑239 (MQ=255) gggTGTTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGACAGCAGAGc < 2:79250/239‑1 (MQ=255) gtgtTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCa < 1:6257/238‑1 (MQ=255) tgtTAAGCGCAGTCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATg > 2:272315/1‑239 (MQ=255) gtAAGCGCAGGCACCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGt < 2:1954168/238‑1 (MQ=255) tAAGCTCTGTAACCAGCATCAGCTATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCAGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCAGCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGt < 2:470732/238‑1 (MQ=255) 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> 2:527345/1‑238 (MQ=255) aCCAGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 2:861758/239‑1 (MQ=255) aCCAGCATCAGCGATTCAGTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTcaca < 2:531650/239‑1 (MQ=255) aGCATCAGCGATTCATTGAGTAATTGATTGATTCGCTCACGATTCGGTTCAATACCCACTGCGCAGTGTTTGTTAAAACTTTCCATGCCATCTGCCAGCAAGCGCACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGCGCCCCCCATGTTGATCGCCACGTCGCTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCa > 2:711224/1‑220 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |