Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 1,707,042 | A→G | 100% | T27A (ACG→GCG) | Y75_RS08565 → | DUF2569 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 1,707,042 | 0 | A | G | 98.9% | 624.3 / ‑2.9 | 182 | T27A (ACG→GCG) | Y75_RS08565 | DUF2569 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (84/95); total (85/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
AGCTGGTTTCTGGCGGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTACGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACATTTCAAACGCTCGGCGGACAAGCACTGACGACACAAATCTTATGGGGCGTTTCTTTTATTACCGCTATCGCCTTGTGGTATTACACACTGTGGTTGACCATCGCTTTCTTTAAACGTCGGCGTTGTGTTCCTAAACACTATATTATCTGGCTGCTTATTTCCGTATTGCTGGCAGTA > NC_007779/1706808‑1707269 | agCTGGTTTCTGGCGGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTgcgac > 1:33957/1‑239 (MQ=255) ttCTGGCGGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCg < 1:593410/239‑1 (MQ=255) tGGGGGGCGTTTGTTTGACTTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCgttg < 2:1936996/239‑1 (MQ=255) tGGCGGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCgttg < 1:1378224/239‑1 (MQ=255) tGGCGGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCgttg < 1:1155449/239‑1 (MQ=255) ggcgggcgTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCgttgt < 1:61786/239‑1 (MQ=255) ggcgTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCgttgtt > 1:144770/1‑236 (MQ=255) cgTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCGTTGTTGCTGt > 1:1218568/1‑239 (MQ=255) 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< 1:1013265/205‑1 (MQ=255) ccGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCg > 1:386092/1‑214 (MQ=255) ccGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACAtt > 1:14029/1‑239 (MQ=255) ggCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTGCGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACATTTCAAAc < 1:28226/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |