| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 1,712,704 | A→G | 100% | T55A (ACC→GCC) | Y75_RS08595 → | electron transport complex subunit RsxE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,712,704 | 0 | A | G | 100.0% | 475.3 / ‑6.7 | 136 | T55A (ACC→GCC) | Y75_RS08595 | electron transport complex subunit RsxE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (61/73); total (61/75) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TAAAACGCGCCGGATTGTACGCTCAGACGTTACCGGCACAACTTTCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGCTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGCCGCGCTGAAGCCTTCGCCGCCAAAAAAGGTCCGGCGCTTTCGGCACTGGACGGCTTT > NC_007779/1712468‑1712937 | tAAAACGCGCCGGATTGTACGCTCAGACGTTACCGGCACAACTTTCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGGcc > 2:437533/1‑239 (MQ=255)tAAAACGCGCCGGATTGTACGCTCAGACGTTACCGGCACAACTTTCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGGcc > 2:1551126/1‑239 (MQ=255)tAAAACGCGCCGGATTGTACGCTCAGACGTTACCGGCACAACTTTCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGGcc > 2:1679366/1‑239 (MQ=255)tAAAACGCGCCGGATTGTACGCTCAGACGTTACCGGCACAACTTTCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGGcc > 1:1294072/1‑239 (MQ=255) 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TAAAACGCGCCGGATTGTACGCTCAGACGTTACCGGCACAACTTTCTCAACTTCCTGCCTGTGGAGAATAAAGCGTGAGCGAAATTAAAGACGTTATTGTTCAGGGGTTGTGGAAAAACAACTCTGCGCTGGTCCAGTTGCTCGGCCTTTGTCCTCTGTTGGCGGTCACGTCCACTGCCACTAACGCTCTGGGTTTAGGACTTGCGACTACGCTGGTACTGACGCTGACCAACCTGACCATTTCGACGCTGCGTCACTGGACGCCAGCCGAGATCCGCATTCCCATTTACGTGATGATCATCGCCTCGGTGGTCAGCGCTGTACAGATGCTGATCAACGCCTACGCCTTTGGCCTGTATCAATCATTAGGGATTTTTATTCCGCTGATTGTCACTAACTGTATCGTTGTGGGCCGCGCTGAAGCCTTCGCCGCCAAAAAAGGTCCGGCGCTTTCGGCACTGGACGGCTTT > NC_007779/1712468‑1712937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |