| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 2,008,180 | G→A | 6.4% | G111S (GGC→AGC) | fliT → | flagella biosynthesis regulatory protein FliT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 2,008,180 | 0 | G | A | 6.4% | 571.6 / 23.0 | 188 | G111S (GGC→AGC) | fliT | flagella biosynthesis regulatory protein FliT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/101); new base A (4/8); total (78/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
AACTCATCGCCAGCGAAATGGCGTATGTGAATGCGGTGCAGGAGATTGCACATTTGACTGAAGAGGTTGACCCGTCCACCACGATGCAGGAGCAGCTCCGCCCGATGCTGCGCCTGATTCTCGACAACGAAAGCAAGGTAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTT > NC_007779/2007944‑2008414 | aaCTCATCGCCAGCGAAATGGCGTATGTGAATGCGGTGCAGGAGATTGCACATTTGACTGAAGAGGTTGACCCGTCCACCACGATGCAGGAGCAGCTCCGCCCGATGCTGCGCCTGATTCTCGACAACGAAAGCAAGGTAAAGCAGTTATTACAGATTCGGATGGATGAACTGGCGAAACTGGTCGGTCAGTCATCGGTGCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGggcg > 1:1815891/1‑237 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |