| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 2,188,533 | T→G | 21.7% | T35P (ACC→CCC) | thiM ← | hydroxyethylthiazole kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,188,533 | 0 | T | G | 21.7% | 265.4 / 13.7 | 103 | T35P (ACC→CCC) | thiM | hydroxyethylthiazole kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/70); new base G (22/2); total (31/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
AAAATGGCGGCGATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAAAGGTTTGCACCACAT‑CAT‑TGGTCATGCAGTG‑CACAAGAGGGGAAT‑GTTGGTGAAAAAGGTGTAACGCGTGCGCAGATTGCGCTG‑AACCCAGCAGGTCGACTTGCATAGTTTGCTCCTGCCATAACGTGAAGAAGCAATG‑A‑CCTGGTGGTCCGTGA‑CTTCCCTACGCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGC > NC_007779/2188300‑2188750 | aaTGGCGGCGATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAAAGGTTTGcacc < 1:39716/239‑1 (MQ=255) ggcgATAATCGAGCGCACCCACCGCTACTGGATCAAGCGTCCAGGGTGTTTGAGAGCTTTTTGCTTGCTCAACGGCAGCACGCATCGCCTGAGCGCGTGGCTGCGTCAGTGTGCCAACGTTAATCAACAAGGCACTGGCGATAGCCGCAAACTGACTGGCCTCTTCGGTTTCGATAACCATCGCTGGCGATGCACCGAGCGCCAGCAAGGTATTGGC‑GGTAAAGGTTTGCACCAcat‑c < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |