Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 2,236,204 | T→C | 100% | intergenic (+142/‑8) | cdd → / → sanA | cytidine deaminase/outer membrane permeability protein SanA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 2,236,204 | 0 | T | C | 100.0% | 691.4 / NA | 212 | intergenic (+142/‑8) | cdd/sanA | cytidine deaminase/outer membrane permeability protein SanA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (81/131); total (81/131) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
AAAAGCCGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGTCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCC > NC_007779/2235969‑2236439 | aaaaGCCGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGcctc < 1:1715610/239‑1 (MQ=255) aaaaGCCGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGcct > 1:376664/1‑238 (MQ=255) cGATGCGCCGTTGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGCCTCCTGc < 1:1210429/237‑1 (MQ=255) tGATTCAGTGGGATGCCACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGCCTCCTGCATGTTAAAGcgcg < 1:1807157/239‑1 (MQ=255) 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cACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGCCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGt < 1:1478966/238‑1 (MQ=255) cACCTCCGCAACGCTGAAAGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGCCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGt < 1:683529/238‑1 (MQ=255) tGAAAGGTCTCGGCTGTCACAGTCTCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGTGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGCCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCt < 2:679431/239‑1 (MQ=255) 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aaaGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACCGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGGAATTTTCCTTAGATCCATCCCCCTGCATGTTAAAACCCGTGTTCCTCAGCCCTTTAGTCCTGACCGGCtt > 2:1643528/1‑238 (MQ=255) aaGCTCTCGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGCCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTtg < 1:1358702/238‑1 (MQ=255) ctcGGCTGTCACAGTATCGACCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGCCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGctgctg < 2:831756/239‑1 (MQ=255) 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aCCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGCCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCg > 2:254643/1‑239 (MQ=255) aCCGAGTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTGTCCGGCTTGCCAGCCCTCTCCTGGCGTCGGAATTCCCGGCAAACAGCTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTCAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCCAGCCCCCTGCCTGTTAAAGCGCGAGTTCCTCAGCCTCTTAGTCCTGACCGGCCTGCTGCGGTTTACTGTGCTCGGCCTcc > 2:502439/1‑238 (MQ=255) gggTGCTTCTCGCTTAAGCCTGGTGCCGGATGCGGCGTGAACCACTTGTCCGGCTTACCTGCCCTCTCCTGGTGTCGAAATTCCCGGCAAACAGTTTGCCGTTTCTTGCGCAAAACCAGCGGGTAAAGTAGCCTGATGGAAATTTTCCTTAGATCGAGCCTCCTGCATGTTAAAGCGCGTGTTCCTCAGCCTGTTAGTCCTGATCGGCTTGCTGCTGTTGACTGTGCTCGGCCTCGCTc < 2:1745985/237‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |