| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,307,983 | C→T | 7.2% | intergenic (+256/+459) | eco → / ← mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate dehydrogenase (quinone) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,307,983 | 0 | C | T | 7.2% | 177.1 / 5.9 | 70 | intergenic (+256/+459) | eco/mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate dehydrogenase (quinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/36); new base T (3/2); total (31/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
CCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAA > NC_007779/2307747‑2308215 | ccccGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCgg > 1:744783/1‑239 (MQ=255) aGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGtt > 1:1211119/1‑239 (MQ=255) aCAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCCGCACCCCGTAGGTCAGAT‑AAGGCGGTTACCCCGCATCCGACATCCAACCCCCGAACCGGTCGCCTGATGCGAAGCCGGCGCGTCCTATCAGGCCTACACCCCTGTCAAGAGCACCACCCCGG‑AGGGTGGATAAGGCCGtca > 2:295381/1‑236 (MQ=11) aGGCGGCCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTTGGATAAGGCGGTTAcgcc < 1:1341554/239‑1 (MQ=25) ggCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTAcgcc > 1:1488640/1‑238 (MQ=255) ggCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGCTAcgcc > 1:702586/1‑238 (MQ=255) ggCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCCTCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGACTGATGCGACGCTGGCGCGTCCCATCAGGCCTACACCGCTGCGAAGTGCTCAACCCCAC‑AGGCCGGACAAGGCggcgtcgcag > 2:129894/1‑231 (MQ=11) gCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGATagcccc > 1:1700122/1‑233 (MQ=255) cGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 1:1613543/238‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 1:129894/239‑1 (MQ=255) cATCCACCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCa < 1:253493/239‑1 (MQ=255) gATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 1:1842220/239‑1 (MQ=40) gACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 1:900322/239‑1 (MQ=40) aCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGATACCCCGCACCCAACATCTAACGCCCGACCCCGTGGCCCGATGGGACGCTGgcggg > 1:28186/1‑235 (MQ=11) ggCGCTTCTTAACAGGCCAACACCGTGGTGAACGGCGGC‑CCCCCTGAGTCAGACGAAGGCGTTCCCGCCGCGGCCGACACCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGCCGCGGCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:1674323/238‑1 (MQ=14) gcgcGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGACCTCTCACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATcc > 1:1208293/1‑238 (MQ=255) tagttcgcTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCgg < 1:556156/192‑1 (MQ=255) gCCTCCCCCGCTGTGACGTGCGGCCCCCCGTAGGTGGGAT‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 2:1099640/173‑1 (MQ=11) gacacGGCGGTGAAGGGCGGGTCCCCAGAGGTCAGAA‑CAGGGGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGTGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtgtg < 2:1697597/237‑1 (MQ=11) acacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTTGGATAAGGCg > 1:266926/1‑155 (MQ=255) acacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAACCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGaa > 1:1780041/1‑239 (MQ=255) cacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGGTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCCGGCCCACACCCCtggggaa > 1:1369774/1‑234 (MQ=255) acCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGt > 1:1080832/1‑239 (MQ=40) cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCGGAT‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAAc > 1:1099640/1‑173 (MQ=9) cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGACATCCAACGCCCAAGCCCGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCt > 1:938072/1‑238 (MQ=255) cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACCCTGGTGCGTCTTATCAGGCCTCCCCCCCCGTGAAGTGCt > 1:1798506/1‑238 (MQ=255) cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCCCATCCGCCATCCAACCCCCAAGCCGGGTTCCTGAAGCGGCGCTGGCGCGCACTACTAGGCCCACACCCCTCTGaaaggcgc > 2:631570/1‑233 (MQ=11) cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACCCCGCACCCGACATCTATACCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCCACACCGCTGTGAAGAGCt > 1:710885/1‑238 (MQ=255) cTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGGTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCt > 1:425971/1‑238 (MQ=255) tgtgAAGTGGGGCACCGCGGAGGGCAGGT‑AAGGCGGCCACGCCCCATCCGCCATCCAACGCGGGGGTCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCGGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc < 2:1724860/238‑1 (MQ=11) tgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc < 1:348287/238‑1 (MQ=40) tgcgaggTGCGGCACCCCGTAGTGCGTGC‑AAGGCGGCCAGGCCGCGTCCGACATCCAACGCCCGGACGGGTTGCCTGATGTGACGCTGGCGTGTCTTATCAGACCTAAACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc < 2:375673/232‑1 (MQ=11) gtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTcc > 1:1414528/1‑238 (MQ=40) tgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCa > 1:1907805/1‑238 (MQ=40) ggAAGTGCGGCACCCCGTAGTCGATAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCa < 2:1907805/237‑1 (MQ=255) ccGTAGGTCAGCC‑ATGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGAt < 1:928285/239‑1 (MQ=37) ccGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGAt < 1:54565/239‑1 (MQ=37) cGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGCCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGGTGCCTGATGCCACGCTGGCGCGGCCTCTCAGGCCTCCACCGCTGTGAAGGGCTCCACCCCGTAGGTTGGATa > 1:1271287/1‑239 (MQ=11) cGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAg < 1:1576010/198‑1 (MQ=38) cGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 1:1323236/145‑1 (MQ=255) cGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc > 2:1323236/1‑145 (MQ=255) tAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAg > 1:1226167/1‑239 (MQ=37) tAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAACCGGGTGCCTGATGCGACGCCGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCCCTGTGAAGTGCCCCACCCCGTAGGTTGGATAAg > 1:119874/1‑239 (MQ=255) ggTCAGAC‑AGGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAgg < 1:295381/238‑1 (MQ=25) gTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGACATCCAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCCCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCg > 1:1903482/1‑239 (MQ=255) gTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCg > 1:242040/1‑239 (MQ=35) ggCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCCGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTAcgcc > 1:976476/1‑238 (MQ=17) gCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAagccc > 1:1032199/1‑237 (MQ=17) gaCGCCGCGTCCGACAACCAACGCCCGACCCGGTTGCCTGATGCGCCGCTGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 2:1911795/237‑1 (MQ=255) gcATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATcc < 1:1833427/239‑1 (MQ=33) cATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc < 1:82950/169‑1 (MQ=31) ccGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACg < 1:1884580/239‑1 (MQ=14) ccAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTacac > 2:82950/1‑169 (MQ=14) gCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGtt < 1:631570/239‑1 (MQ=34) ctgTTGCCTTGTGCCGCCCTGGAGCGTCTTATCGGGCCGACACCGATGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTGACGCCGCATCCGACATCTACCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGCCGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg < 2:242040/237‑1 (MQ=11) cgcGCTGGGCCGTCTTACCAGCCCTACACCGCTGTGACGTGCTCCGCCCCTT‑AGGGCGGATAGGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCAACCGCCCACGCCGGTTGCCGGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 2:1414528/237‑1 (MQ=11) tGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:99166/239‑1 (MQ=33) ggCGCGTGTTACGAGGCCGACGCCGCGGTGAATGGGTCCGCCCCGT‑AGGTCGGGTAGGGGGGTCGCGCAGCATCGGACTGCGAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:1536868/238‑1 (MQ=11) tgtCAGGCCTGCCCCCCTGGGAAGTGCTCCTCCCGGG‑TGGACTGCTAAGGTGGTTACGCGGCAGCCGACATCTAACGCCCTCTCCTGTGGCCTGATGCGAGGCTGGTGTGACATACAAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAGGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 2:710885/237‑1 (MQ=11) tATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCACGTCTTATCAGGCCTaca < 1:1267923/239‑1 (MQ=37) gCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCg < 1:985726/188‑1 (MQ=35) gCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACg < 1:1850097/209‑1 (MQ=34) acacCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGaa < 1:1263287/239‑1 (MQ=255) caggtgggAAGTTCTCCGCCCCGT‑GGGTAGGATAAGGCGGTACCGCCGCACCCAACTTCTACCGCCCCATCCTGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTAGCGGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTGGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTg < 2:938072/232‑1 (MQ=11) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCCACATCCAACGTCCGAGCCGGGTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCCTATCAGGCCTACACCCCTGGGGAGTGCt > 1:934107/1‑238 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTcc < 1:739296/239‑1 (MQ=255) tgtgAAGGGCG‑CACCCCGCAAGGTCGGATATGGCGGTGCCGCCTCGTCCGACATCAAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTc < 2:224083/238‑1 (MQ=11) tGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTGGCCTGATGCGACGCGGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGAGAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca < 1:789431/215‑1 (MQ=255) gCTCCCCCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCg < 1:1447540/237‑1 (MQ=255) agggTCGGATAAGCGGGTCCGGCCGAATCCGCCATCAAACGCCCGAGCCGGTTGCCGGAGGCGACGCTGGCGCGGCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 2:986205/236‑1 (MQ=11) | CCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGAC‑AAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGT‑AGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAA > NC_007779/2307747‑2308215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |