| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 2,353,303 | T→G | 11.5% | G40G (GGT→GGG) | yfaE → | ferredoxin‑like diferric‑tyrosyl radical cofactor maintenance protein YfaE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,353,303 | 0 | T | G | 11.5% | 324.7 / 3.3 | 107 | G40G (GGT→GGG) | yfaE | ferredoxin‑like diferric‑tyrosyl radical cofactor maintenance protein YfaE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/77); new base G (13/3); total (27/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GGCTGGTGTCTGATAACGTGCAGGTTGCTCCGCAGGAAGTGGAAGTCAGTTCTTATCTGGTCGGGCAGATTGACTCGGAAGTGGACACCGACGATTTGAGTAACTTCCAGCTCTGATGGCCCGCGTTACCCTGCGCATCACTGGCACACAACTGCTGTGCCAGGATGAACACCCTTCCCTTCTGGCGGCGCTGGAATCCCACAATGTGGCGGTTGAGTACCAGTGTCGCGAAGGTTACTGCGGCTCCTGTCGCACACGCCTGGTTGCAGGTCAAGTTGACTGGATTG‑CCG‑AA‑CCGTTAGCCTTTA‑TTCAGCCGGGGGAAATTTTGCCCTGTTGTTG‑CCGGGCAAAAGGCGATATTGAAATCGAGATGTGAATTGGTTGTAGT‑GCCAGATACAACGCTTATGCGTCTTATCTGGCCTACAACGATTACATGGCGTAGTAATACGCTTTCACCTGCTCCCAGTCCGCTTTGGGG > NC_007779/2353069‑2353540 | ggCCGGTGTCTGATAACGTGCAGGTTGCTCCGCAGGAAGTGGAAGTCAGTTCTTATCTGGTCGGGCAGATTGACTCGGAAGTGGACACCGACGATTTGAGTAACTTCCAGCTCTGATGGCCCGCGTTACCCTGCGCATCACTGGCACACAACTGCTGTGCCAGGATGAACACCCTTCCCTTCTGGCGGCGCTGGAATCCCACAATGTGGCGGTTGAGTACCAGTGTCGCGAAGGTTACt < 1:665984/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |