Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 275,552 | T→C | 100% | V335A (GTG→GCG) | mmuP → | S‑methylmethionine permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 275,552 | 0 | T | C | 100.0% | 511.8 / ‑6.7 | 160 | V335A (GTG→GCG) | mmuP | S‑methylmethionine permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (78/80); total (79/81) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GTGCTGGCAGCGCTGATCCCGATGCAGCAGGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGTGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGACACGGTATTTGTTGCGCTGTCGGCAATCTCCGGGTTTGCGGTGGTAGCGGTGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATT > NC_007779/275320‑275789 | gCAGCGCTGATCCCGATGCAGCAGGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTAAGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGCAAAACGCAGCGCCACTGACGgc > 2:1568604/1‑239 (MQ=255) aGCGCTGATCCCGATGCAGCAGGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCACTGACGgcg < 1:1339142/238‑1 (MQ=255) tCCCGATGCAGCAGGTGGGGGTGGAGAAAAGCCGGTGTGTGGTGGTATTTGAGGAAGTAGGGGTCCCGTATGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTAGTCTTGCTGCAGCAAGCTCCGGGTTATGTGCCTCCTGGCGCATGCTGGGGTCGTTGTCGAATGAACGTAGGCTACCGTCCGTTTTTGCGGGAGTAGCGAAAAACGGCGCGCCACTGACGGCGCTGTCGGTc < 2:1868103/239‑1 (MQ=255) cccGATGCAGCAGGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCACTGACGGCGCTGTCGGTc < 2:144965/238‑1 (MQ=255) cGATGCAGCAGGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGt < 2:1750275/239‑1 (MQ=255) cGATGCAGCAGGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGt < 2:896526/239‑1 (MQ=255) ggcagGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTGTGTGCGGGTATTTGAGATAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGGCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCGCTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCt < 2:814842/237‑1 (MQ=255) cagGTGGGCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCgg > 2:58223/1‑239 (MQ=255) gggggCGTGGAGCAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGACAGTCGGGATCCCGTAGGCCGCTGATATTTTTAACTTCGCGATCGTGACGGCTATTCTTTCTGTAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACCGTACCGGCCTGTTTTGCGCGCGTAACGAAAAACCGCGCTCCACTGGCGGCGCCGTCGGTCGGCATgg > 2:648895/3‑231 (MQ=255) gggCGTGGAGAAAAGCCCGTTTGTGCTGGTATTTGAGAAAGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGt > 2:411641/1‑226 (MQ=255) 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aaGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGacac < 2:278184/238‑1 (MQ=255) aaGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGACACg > 2:1851763/1‑239 (MQ=255) aGTAGGGATCCCGTACGCCGCTGATATTTTTAACTTCGTGATCCTGACGGCTATTCTTTCTGCAGCGAACTCCGGGTTATATGCCTCCGGGCGCATGCTGTGGTCGTTGTCGAATGAACGTACGCTACCGGCCTGTTTTGCGCGAGTAACGAAAAACGGCGCGCCACTGACGGCGCTGTCGGTCAGTATGCTCGGTGGTGTGCTGGCGCTGTTTTCCAGCGTGGTGGCCCCGGACACgg > 1:665221/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |