| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 2,536,366 | A→G | 8.1% | V105A (GTC→GCC) | zipA ← | cell division protein ZipA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,536,366 | 0 | A | G | 8.1% | 358.5 / 3.9 | 118 | V105A (GTC→GCC) | zipA | cell division protein ZipA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/94); new base G (9/2); total (22/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ACTGGAGCAGGTTCCGCTACAGGCTCAGGCTGTGGTGCCGCTACGGGTTCTGCAGGCTGGAAAGCCTGT‑TGTGCCGGTTGCGGTGCTGAATGCACAGGCTGCGGCGCTGGCGCGACCTGTGGCGAAACTGGCTGCTGCAACGGCTGTTCAGGCTGCGGCTGATAGGCAGGCTGCTGCACCGGCTGCGCTGGATGCGGAGCATGTTGCGGCGGTACCTGCGCTTCAGGCGGCTGCTGGACCGGTTGACGCGGCTGCGCAGACGCATAAGGCGGTTGGTACTGGTGTTGCGGCGACGGACGAGCAGCCTCATGCT‑CCTGAGCGTTAGCCGGGGCATGATTCACGCGGTGAACA‑CGAACCTCACCAACGCCCTCAT‑CATCTTCGACATCCTCGTCATAAGAATCG‑TCGTCACGTTTTGACTTCA‑TTCGTTTTAATGGCCGATCGCGGAACATAGAAGATCGTTCTTTACGGCTGG > NC_007779/2536129‑2536600 | gAGCAGGTTCCGCTACAGGCTCAGGCTGTGGTGCCGCTACGGGTTCTGCAGGCTGGAAAGCCTGT‑TGTGCCGGTTGCGGTGCTGAATGCACAGGCTGCGGCGCTGGCGCGACCTGTGGCGAAACTGGCTGCTGCAACGGCTGTTCAGGCTGCGGCTGATAGGCAGGCTGCTGCACCGGCTGCGCTGGATGCGGAGCATGTTGCGGCGGGACCCGCGCCTCCGGCGGCCGGTGGGCCggg > 1:12587/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |