| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 2,538,886 | 0 | T | C | 50.6% | ‑4.2 / 218.8 | 151 | intergenic (+60/‑324) | cysK/ptsH | cysteine synthase A/phosphocarrier protein Hpr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/38); new base C (42/34); total (78/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-02 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
AAGGTATTCTTGCAGGTATCTCTTCTGGAGCAGCTGTTGCCGCGGCGTTGAAACTACAAGAAGATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTT‑CGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGGTTCAATTCTTCCTTTAGCGGCATAATGTTTAATGACGTACGAAACGTCAGCGGTCAACACCCGCCAGCAATGGACTGTATTGCGCTCTTCGTGCGTCGCGTCTGTTAAAAA > NC_007779/2538651‑2539124 | ttGGAGGTTTCGCTTCTGGAGCAGCTGTTGCAGGAGCGTTGATACTACAAGAAGATGAAAGCTGTACCAACAAGAGTATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACAGCATTGTTTGCCTATCTCTGCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCGGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTTCTTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTT‑CGc < 2:1132009/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |