| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 300,601 | A→C | 8.5% | L171V (TTG→GTG) | Y75_RS01475 ← | aldehyde oxidoreductase FAD‑binding subunit PaoB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 300,601 | 0 | A | C | 8.5% | 417.8 / 5.4 | 126 | L171V (TTG→GTG) | Y75_RS01475 | aldehyde oxidoreductase FAD‑binding subunit PaoB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/3); new base C (2/15); total (108/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TCGCCGCGACCGATACCAGGGCAAAGGCGTAGGAGGCGCGATCGCGCACCTTACGGTAGATATGTTTTCCGCCGAGCGGTGGAGGTAACGTCACCGCAACGATAAGCTCACCGGGAAGCAGGGCGGTTTCAATGTGCGGCGTTTTTCCCGGAG‑GGTGATAAAAATCAGCCAGTGTGATACTGCGAGTCT‑TTCCCTCCGGCGTGATGGTTTCCACCACCGCATCCAGCAACC‑GCATTGCGACCGCCATATCGCTCGGATGGGTGGCAATGCAGGCTTCGCTTACGCCTACCACCGCGTGCTGACGGCTAAAGCCTTCAAGCGCCGCGCAGCCGCTCCCGGGCAGGCGCTTATTGCAGGGCTGATTGGTGTCGTAAAAATAGGGGCAGCGCGTGCGCTGGAGCAGATTACCTGCGGTGGTTGCCTGATTACGTAACTGACCAGACGCGCCAGCGAGCAGGGCGCGGGA > NC_007779/300373‑300838 | tCGCCGCGACCGATACCAGGGCAAAGGCGTAGGAGGCGCGATCGCGCACCTTACGGTAGATATGTTTTCCGCCGAGCGGTGGAGGTAACGTCACCGCAACGATAAGCTCACCGGGAAGCAGGGCGGTTTCAATGTGCGGCGTTTTTCCCGGAG‑GGTGATAAAAATCAGCCAGTGTGATACTGCGAGTCT‑TTCCCTCCGGCGTGATGGTTTCCACCACCGCATCCAGCAACC‑GCATTGCg > 1:176456/1‑239 (MQ=255) 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tCT‑TCCCCGCCGGCGTGGTGGTTTCCCCCCCCCCACCCCGCAACC‑GCATTGCGCCCGCCATATCGCTCGGATGGGTGGCAATGCAGGCTTCGCTTACGCCTACCACCGCGTGCTGACGGCTAAAGCCTTCAAGCGCCGCGCAGCCGCTCCCGGGCAGGCGCTTATTGCAGGGCTGATTGGTGTCGTAAAAATAGGGGCAGCGCGTGCGCTGGAGCAGATTACCTGCGGTGGTTGCCTGa < 1:1202205/239‑1 (MQ=255) tcgggCGTGAGGGTTCCCCCCACCGCATCCACCACCC‑GCTTTGCGACCGCCATATCGCTCGGATGGGTGGCAATGCAGGCTTCGCTTACGCCTACCACCGCGTGCTGACGGCTAAAGCCTTCAAGCGCCGCGCAGCCGCTCCCGGGCAGGCGCTTATTGCAGGGCTGATTGGTGTCGTAAAAATAGGGGCAGCGCGTGCGCTGGAGCAGATTACCTGCGGTGGTTGCCTGATTACGTaa < 1:480466/236‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTTCCACCACCGCATCCAGCAACC‑GCATTGCGACCGCCATATCGCTCGGATGGGTGGCAATGCAGGCTTCGCTTACGCCTACCACCGCGTGCTGACGGCTAAAGCCTTCAAGCGCCGCGCAGCCGCTCCCGGGCAGGCGCTTATTGCAGGGCTGATTGGTGTCGTAAAAATAGGGGCAGCGCGTGCGCTGGAGCAGATTACCTGCGGTGGTTGCCTGATTACGTAACTGa > 1:1201008/1‑238 (MQ=255) 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cGCATCCAGCAACC‑GCATTGCGACCGCCATATCGCTCGGATGGGTGGCAATGCAGGCTTCGCTTACGCCTACCACCGCGTGCTGACGGCTAAAGCCTTCAAGCGCCGCGCAGCCGCTCCCGGGCAGGCGCTTATTGCAGGGCTGATTGGTGTCGTAAAAATAGGGGCAGCGCGTGCGCTGGCGCAGATTACCTGCGGTGGTTGCCTGATTACGTAACTGACCAGACGCGCCAGCGAGCa > 1:408776/1‑239 (MQ=255) acccAGCACCC‑GCTTTGCGACCGCCATATCGCTCGGATGGGTGGCAATGCAGGCTTCGCTTACGCCTACCACCGCGTGCTGACGGCTAAAGCCTTCAAGCGCCGCGCAGCCGCTCCCGGGCAGGCGCTTATTGCAGGGCTGATTGGTGTCGTAAAAATAGGGGCAGCGCGTGCGCTGGAGCAGATTACCTGCGGTGGTTGCCTGATTACGTAACTGACCAGACGCGCCAGCGAGCAggg < 1:1399457/237‑1 (MQ=255) acccAGCACCC‑GCTTGGCGCCCGCCATATCGCTCGGATGGGTGGCAATGCAGGCTTCGCTTACGCCTACCACCGCGTGCTGACGGCTAAAGCCTTCAAGCGCCGCGCAGCCGCTCCCGGGCAGGCGCTTATTGCAGGGCTGATTGGTGTCGTAAAAATAGGGGCAGCGCGTGCGCTGGAGCAGATTACCTGCGGTGGTTGCCTGATTACGTAACTGACCAGACGCGCCAGCGAGCAggg < 1:861661/237‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |