| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,685,344 | G→A | 9.5% | G285D (GGC→GAC) | hmpA → | NO‑inducible flavohemoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,685,344 | 0 | G | A | 9.5% | 491.6 / 32.7 | 178 | G285D (GGC→GAC) | hmpA | NO‑inducible flavohemoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/86); new base A (9/8); total (83/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAGAAAATGGCGATGTTCACGCCTTTGCCGATGAAGTTAAGGAACTGGGGCAGTCACTGCCG‑CGCTTTACCGCGCACACCTGGTATCGTCAGCCGAGCGAAGCCGATCGCGCTAAAGGTCAGTTTGATAGCGAAGGTCTGATGGATTTGAGCAAACTGGAAGGTGCGTTCAGCGATCCGACAATGCAGTTCT > NC_007779/2685109‑2685568 | tttGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCcac > 1:174244/1‑238 (MQ=255) tGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGCGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACCCGTGACGTTAATCTCTGCCGGTTTTGGGTCAACGCCAATGCTGGCACTGCTCGACACGCTGGCAAAATCAGACcacaca > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |