| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 2,743,082 | A→G | 48.5% | G35G (GGT→GGC) | rplS ← | 50S ribosomal protein L19 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,743,082 | 0 | A | G | 48.5% | 27.6 / 285.1 | 199 | G35G (GGT→GGC) | rplS | 50S ribosomal protein L19 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/50); new base G (49/47); total (102/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.71e-02 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
AGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGTCAACTACCGGAG‑AGTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGAGTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGTTTTTTGGAACCTTCAACAACCCATACTTTCACTTCCACGGTATCACCCGGACGGAAGGAAGGTACGTCCTGCTTCATCTGCTCTTGTTCAAGTTGCTTAATAATGTTGCTCATAATTTAATCTCTTATCCTGGGTAAACTGATATCTCGGGGGCTTACGCCATCCCATCATGTTTATGTTGCTGTTGTGCGTGTTCCGTTTTGAACTCCGCCAGCAACCTTGCTTGCTCTTCAGTCAGAGCC > NC_007779/2742846‑2743315 | aGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGTCAACTACCGGAG‑AGTGAGTCTGGAAGACACGCTCAACGCCTTCGCCGTTGGAAATTTTACGAACAGTGAATGCAGAGTGCAGACCGCGGTTACGAATAGCGATAACCACGCCCTCGAATGCCTGCAGACGTTTTTTGGAGcc < 1:388411/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |