Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 2,779,100 | A→G | 100% | D761D (GAT→GAC) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 2,779,100 | 0 | A | G | 100.0% | 525.9 / ‑6.7 | 165 | D761D (GAT→GAC) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (90/71); minor base T (2/1); total (92/73) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCGCCCATATTGACCTGTGTTTT‑GTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGGCCGCCCTCATTAACTACCTGTGAACCCCCATTAATAATGGAACCTTCCGCTGTCCCGTTTGCCATAATTTGTTGTAGGCCAGAGACGATATCGG > NC_007779/2778866‑2779335 | aaCTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCGCCCATATTGACCTGTGTTTT‑GTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCGTcc > 2:208632/1‑238 (MQ=255) aaCTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCGCCCATATTGACCTGTGTTTT‑GTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCGTcc > 1:1054452/1‑238 (MQ=255) ttGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCGCCCATATTGACCTGTGTTTT‑GTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCGTCCGCGCgtg < 1:1032130/239‑1 (MQ=255) gccgTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCGCCCATATTGACCTGTGTTTT‑GTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCGTCCGCGCGTGTTCCtgtg > 1:962845/1‑238 (MQ=255) 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tGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCGCCCATATTGACCTGTGTTTT‑GTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCGTCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTAct < 1:1940129/239‑1 (MQ=255) tttCACCGCCGGGGTACGTCGTAGCTGTCGCAGTGGCTTTAGTTTTGACGGTCTCCCGTTCGCCGATAGTGACCTGTGTTTT‑GTCAGAAGAGGTGTCTGCCTCCTCTGTTTACCCGCCGCCATTTGCCCGCATGATTTTCTCCGCCGCACCCTGCTCTATGCTGCGCGCGACGCCAGCCGCGCGTGTTCCTGTCCCCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAACGCGCCCCGGctcctc < 2:456249/238‑1 (MQ=255) tCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCGCCCATATTGACCTGTGTTTT‑GTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCGTCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTActct > 1:247890/1‑238 (MQ=255) 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t‑GTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCGTCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGgccg < 1:707925/239‑1 (MQ=255) cAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCGTCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAGCCAGgccgcc < 1:1898934/238‑1 (MQ=255) agaagaGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGATCGATGCTGAACGCGACGCCGTCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCTGGTGGTTGCAACCAAAGCGCCCTGGCTACTCTGCTGTATCCCCGTTGCGCTGCCTTTCTCCCGCACATCGAGTGTGCCGCCGTCATTAAGCACCGAGTTTTCAg < 1:1824107/227‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |