| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,795,799 | T→C | 100% | intergenic (‑115/‑68) | Y75_RS13915 ← / → Y75_RS13920 | YqaE/Pmp3 family membrane protein/helix‑turn‑helix transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,795,799 | 0 | T | C | 100.0% | 267.2 / NA | 77 | intergenic (‑115/‑68) | Y75_RS13915/Y75_RS13920 | YqaE/Pmp3 family membrane protein/helix‑turn‑helix transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (35/42); total (35/42) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGGGGATATACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCTGCTGAGGCTGGTATATGTTGCATTTTTAGTTTAGAGTTTACTTAATTTAGAAAATACTTAAATAAATATGACTGAACTCGCGCAATTACAGGCCAGTGCCGAACAGGCAGCGGCCTTATTGAAAGCAATGAGCCACCCTAAACGATTGCTGATTCTGTGCATGCTTAGCGGTTCCCCCGGCACCAGCGCGGGAGAGCTGACGCGCATTACCGGACTGAGTGCCTCTGCGACATCA > NC_007779/2795564‑2796034 | cGGGGATATACCCAAGCAGTGTCAGCAGAATATTAATGATGAACGCCCAACCGACCCCATTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGGATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAACGTAGTAATTTTAGCGGGGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACgccgct < 2:1237207/239‑1 (MQ=255)cGGGGATATACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACgccgct < 2:1798019/239‑1 (MQ=255) ggggATATACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGccgctg > 2:1115958/1‑239 (MQ=255) ggATATACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCCGCTGa < 1:1849487/238‑1 (MQ=255) ggATATACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGAACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCCCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCCGCTGAg > 2:1420341/1‑239 (MQ=255) atatACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCCGCTGAgg < 1:1115958/238‑1 (MQ=255) atatACCCAAGCAGTGTCAACAGAATATTAATAATGAACGCCCAACCGAACCCTTTACCGAGCAGCACGCCGAGCGGCGGCAGAATGATGGTGATGACGATTCTCCAGAAACCCATATGTACTCCCTATAAGAAAATTACTCATTGTTTAAAAAGAGATTTTATCTCTTAAGCGTAGTAATTTTAGCGGAGCCTGCCAGTTTCAGCTTACGCTTTTACTCTCATTTACGCCGCTGAgg < 2:1049380/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |