| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 2,875,251 | G→T | 10.9% | L5F (TTG→TTT) | iap → | alkaline phosphatase isozyme conversion aminopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,875,251 | 0 | G | T | 10.9% | 462.7 / 7.1 | 172 | L5F (TTG→TTT) | iap | alkaline phosphatase isozyme conversion aminopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/95); new base T (19/2); total (75/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCTGGCGCTCGGCGTATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGCACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCC‑AACAGTTTCAGCAAATGGGTTATCGCAGTGATATTCGGACATTTAATAGTCGGTATATTTATA > NC_007779/2875014‑2875486 | cTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGCGGTAAAAAAATTTGCGTGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTgc < 2:343598/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |