| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 2,941,170 | T→C | 100% | A18A (GCA→GCG) | Y75_RS14640 ← | glycine cleavage system transcriptional regulator GcvA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 2,941,170 | 0 | T | C | 100.0% | 377.9 / ‑6.7 | 120 | A18A (GCA→GCG) | Y75_RS14640 | glycine cleavage system transcriptional regulator GcvA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (41/77); total (42/78) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAG‑TTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGA > NC_007779/2940945‑2941400 | ttGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCaaa > 1:1105949/1‑239 (MQ=255) tACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGt < 1:1622339/239‑1 (MQ=255) aCGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTa > 2:1286636/1‑239 (MQ=255) aCGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTa < 1:837626/239‑1 (MQ=255) ttACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGc < 2:352942/237‑1 (MQ=255) ttACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGc < 1:1538111/237‑1 (MQ=255) ttACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGc < 2:953772/237‑1 (MQ=255) ttACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGc < 2:1267041/237‑1 (MQ=255) 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tACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAACTCTTCTGCTTCGCGAGTGAAACTTAAATGGGGCGCCGCGGCATCCAAAACCCGTAAAGAATTTacgggg > 2:240390/1‑234 (MQ=255) cgcgTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCggtgg > 2:909840/1‑239 (MQ=255) gTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTa < 1:1209050/238‑1 (MQ=255) 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taggttCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTaa < 2:1675771/234‑1 (MQ=255) tCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTa < 1:1778382/219‑1 (MQ=255) tCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTa > 2:1778382/1‑219 (MQ=255) tCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTaa > 1:1183113/1‑238 (MQ=255) tCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTATTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTATCCCCAAAAAATCCTCAAAAGCATTGCTTTGCTGGCTTACTGCGGGTTGGGAGCCAAAAAACTCCTTTGCTGCGCGCGGGATACTTAAATGGCGCGCCGAGGCCTTAAAAACCACTAAGGCACTTCGGGGGGGGAAt > 2:1424252/1‑239 (MQ=255) ttCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGtt < 2:598525/239‑1 (MQ=255) ttCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGtt < 1:1406298/239‑1 (MQ=255) ttAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGa < 1:535811/238‑1 (MQ=255) agttGCGAAAATAGCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCCGTCAGCAGGAGTGCACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACGTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACAt < 2:49374/237‑1 (MQ=255) aaTTGCTAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACAt < 2:419294/239‑1 (MQ=255) aaTTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACAt < 1:1593047/239‑1 (MQ=255) aaTTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACAt < 1:240390/239‑1 (MQ=255) tGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATg > 1:1060840/1‑237 (MQ=255) 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tGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGt < 1:1463310/239‑1 (MQ=255) tGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGt > 1:1168683/1‑239 (MQ=255) tGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGGGGTAATCGTTTAGACCTGGCTATTAAACTTTGATGt > 1:885115/1‑239 (MQ=255) 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cTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATca < 1:909840/239‑1 (MQ=255) cTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATca < 1:929121/239‑1 (MQ=255) ttCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACGTAAATGGCGCGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATcac < 2:1105949/239‑1 (MQ=255) 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CTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAG‑TTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGA > NC_007779/2940945‑2941400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |