Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,045,505 | T→C | 26.9% | A731A (GCA→GCG) | gcvP ← | aminomethyl‑transferring glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 3,045,505 | 0 | T | C | 26.9% | 231.0 / 91.5 | 159 | A731A (GCA→GCG) | gcvP | aminomethyl‑transferring glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/40); new base C (23/19); total (93/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.67e-01 |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GCGACCGGTATACAGCACCGGGAAGGCATCCTGCAGGCGGCTGGCAATATAGTTGGCGTTGAGGATTGCCACCTGGCTTGCTTTTTTCAGCCCTTCTGCGCCCATCATGCGGATGTACATCCAGC‑TGATTGGCAGGATAGAGGCG‑CTACCGAACGGTGCCGCAGAAACCGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCT‑TCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAA‑TGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGCAGAAAGTTTTATGTAGGTTAAGGTGTGAAACGTCCGCACCAATAAAGCCCGGCGAGGTGATGCCAACCTGGGCGTTCATGTTCGCGCCATCAAGGTAAACCTGACCGCCGAACTGATGCACGACTTCACACACTTCACGGATCGTTTCTTCATACACGCCGTGGGTAGAAGGAT > NC_007779/3045277‑3045740 | ccGGTATCCGGCACCGGGAAGGCATCCTGCAGGCGGCTGGCAATATAGTTGGCGTTGAGGATTGCCACCTGGCTTGCTTTTTTCAGCCCTTCTGCGCCCATCATGCGGATGTACATCCAGC‑TGATTGGCAGGATAGAGGCG‑CTACCGAACGGTGCCGCAGAAACCGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCT‑TCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGCGCAAAA‑TGCGCtt < 2:406990/238‑1 (MQ=255) ccGGTATACAGCACCGGGAAGGCATCCTGCAGGCGGCTGGCAATATAGTTGGCGTTGAGGATTGCCACCTGGCTTGCTTTTTTCAGCCCTTCTGCGCCCATCATGCGGATGTACATCCAGC‑TGATTGGCAGGATAGAGGCG‑CTACCGAACGGTGCCGCAGAAACCGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCT‑TCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGCGCCAAA‑TGCGCtt < 1:1641575/238‑1 (MQ=255) ggCACCGGGAAGGCATCCTGCAGGCGGCTGGCAATATATGTGGCGTGGAGGATTGCCACCTGGCTTGCTTTTTTCAGCCCTTCTGCGCCCATCATGCGGGTGTACATCCAGC‑TGATTGGCAGGATAGAGGCG‑CTACCGAACGGTGCCGCAGAAACCGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCT‑TCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGCGCCAAA‑TGCGCTTTCACGCCGAt < 2:40716/238‑1 (MQ=255) aCCGGGAAGGCATCCTGCAGGCGGCTGGCAATATAGTTGGCGTTGAGGATTGCCTCCTGGCTTGCTTTTTTCAGCCCTTATGCGCCCATCATGCGGATGTACATCCAGC‑TGATTGGCAGGATAGAGGCG‑CTCCCGAACGGTGCCGCAGAAACCGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCT‑TCGATTTGCGCCACGCCATGCCCCGGTACAAACGGGGCGAAA‑TGCGCTTTCACGCCGAt < 2:191835/236‑1 (MQ=255) aCCGGGAAGGCATCCTGCAGGCGGCTGGCAATATAGTTGGCGTTGAGGATTGCCACCTGGCTTGCTTTTTTCAGCCCTTCTGCGCCCATCATGCGGATGTACATCCAGC‑TGATTGGCAGGATAGAGGCG‑CTACCGAACGGTGCCGCAGAAACCGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCT‑TCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAA‑TGCGCTTTCACGCCGAt < 1:1824242/236‑1 (MQ=255) cGGGAAGGCATCCTGCAGGCGGCTGGCAATATAGTTGGCGTTGAGGATTGCCACCTGGCTTGCTTTTTTCAGCCCTTCTGCGCCCATCATGCGGATGTACATCCAGC‑TGATTGGCAGGATAGAGGCG‑CTACCGAACGGTGCCGCAGAAACCGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCT‑TCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAA‑TGCGCTTTCACGCCGAt > 1:1010008/1‑234 (MQ=255) cGGGAAGGCATCCTGCAGGCGGCTGGCAATATAGTTGGCGTTGAGGATTGCCACCTGGCTTGCTTTTTTCAGCCCTTCTGCGCCCATCATGCGGATGTACATCCAGC‑TGATTGGCAGGATAGAGGCG‑CTACCGAACGGTGCCGCAGAAACCGCGCCCTGACGGGTTAACATGCCT‑TCGATTTGCACCACGCTATGACCCGGTACAAACGGTGCCAAA‑TGCGCTTTCACGCCGAt > 1:655038/1‑234 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |