| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,104,180 | G→A | 7.4% | intergenic (+12/‑190) | mltC → / → Y75_RS15435 | membrane‑bound lytic murein transglycosylase MltC/nucleoside permease NupG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,104,180 | 0 | G | A | 7.4% | 205.8 / 5.1 | 76 | intergenic (+12/‑190) | mltC/Y75_RS15435 | membrane‑bound lytic murein transglycosylase MltC/nucleoside permease NupG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/16); new base A (4/2); total (58/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
AACCCAACATCGCGGCGTTATGCCGTCATCACCGCCTATAACGGCGGCGCAGGCAGCGTGCTGCGAGTCTTTTCGAATGATAAGATTCAGGCTGCCAATATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAACACTCATCCGCATCACGATGTGAGGAAATTAACATGAATCTTAAGCTGCAGCTGAAAATCCTCTCTTTTCTGCAGTTC > NC_007779/3103947‑3104414 | aaCCCAACATCGCGGCGTTATGCCGTCATCACCGCCTATAACGGCGGCGCAAGCAGCGTGCTGCGAGTCTTTTCGAATGATAAGATTCAGGCTGCCAATATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAAACGcc > 1:509310/1‑236 (MQ=255) tGCCGTCATCACCGCCTATAACGGCGGCGCAGGCAGCGTGCTGCGAGTCTTTTCGAATGATAAGATTCAGGCTGCCAATATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTTCATTAAACGCCCCTGACGATGCCCAGGGGCaaaa > 2:824176/1‑239 (MQ=255) tcatcaCCGCCTATAACGGCGGCGCAGGCAGCGTGCTGCGAGTCTTTTCTAATGATAAAATTCAGGCCGCCAAAATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCCGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAAGTAATAACGCGCAAAAATTCTACCGCCCCCGATAATTCCATTAACCGCCCCGGACGATGCTCAGCGGCCAAAATGtt > 2:487929/1‑239 (MQ=255) atcaCCGCCTATAACGGCGGCGCAGGCAGCGTGCTGCGAGTCTTTTCGAATGATAAGATTCAGGCTGCCAATATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTa > 1:505892/1‑238 (MQ=255) 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gctgcGAGTCTTTTCGAATGATAAGATTCAGGCTGCCAATATTATTAACCCCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGCCCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCACCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGa < 1:487477/238‑1 (MQ=255) aTAAGATTCAGGCTGCCAATATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCcac > 1:1163798/1‑239 (MQ=255) tCAGGCTGCCAATATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCCCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAAc > 2:190625/1‑239 (MQ=255) ggCTGCCAATATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCAGTTATCTTTATAAAGTGAATACCACCCAAAACTCCTACAGCCGCCGATAATTACACTAATCGCCCCTGACGATGCCCAGGGGCAAAAATGATATCAACATCCCACTCTCTGTTTGCAAATTGGGAATGGTTGCAATTATTTGCCATAGGTATCaaa > 2:931043/1‑239 (MQ=255) ccAATATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAAcc > 1:554674/1‑239 (MQ=255) ccAATATTATTAACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAAcc > 1:48933/1‑239 (MQ=255) 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taACACCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGaa > 1:603910/1‑239 (MQ=255) acCATGAGCCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACCACCCGCCATCCCTCTCCGGACTCTCGCCGTTATCTCTATAAAGTCAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCTCCTGACGAAGCTCAGTCGCTCAAGTGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGGCAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACACTAAACCTGTCcgcgcacatg > 2:123382/1‑233 (MQ=255) acCATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTAACCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAAACAGTCCGCGAAGTTg > 1:1821730/1‑239 (MQ=255) cATGACGCCGGGCGATGTTTATCAGACGCTGACGACCCGCCATCCCTCTGCGGAATCTCGCCGTTATCTTTATAAAGTGAATACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAatt > 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< 2:1459311/226‑1 (MQ=255) aaTACCGCGCAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGAAGTTGATAGAATCCCATCATCTCGCACGGTCAAATGTGCTTTTTCAAACACTCATCCGCATCACGATGTGAGGAAATTAACATGaa > 1:1379900/1‑239 (MQ=255) gcgcAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAatt > 1:1327755/1‑114 (MQ=255) cgcAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGa < 1:520485/146‑1 (MQ=255) cgcAAAAATCCTACCGCCGCCGATAATTCCATTAACCGCCCCTGACGATGCTCAGGGGCAAAAATGTTATCCACATCACAATTTCGTTTTGCAAATTGGGAATGTTTGCAATTATTTGCCACAGGTAACAAAAAACCAGTCCGCGa > 2:520485/1‑146 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |