| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 3,203,757 | G→T | 11.6% | L136F (TTG→TTT) | plsY → | glycerol‑3‑phosphate 1‑O‑acyltransferase PlsY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 3,203,757 | 0 | G | T | 11.6% | 364.5 / 4.0 | 127 | L136F (TTG→TTT) | plsY | glycerol‑3‑phosphate 1‑O‑acyltransferase PlsY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/85); new base T (14/3); total (39/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AGTACTGATTTTCGACGTTCTGAAAGGAATGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGC‑GGGAACCTGGTTACTG‑ACCGTGCTATTGAGCGGATACTCGTCGCTGGGAGCGATTGTCAGT‑GCACTGATTGCTCCGTTTTA‑TGTCTGGTGGTTTAAGCCACAATTCACC‑TTCCCGGTTTCGATGCTCTCTTGCCTGATCCTGCTGCGTCATCATGACAACATCCAACGTCTGTGGCGTCGTCAGGAGACAAAAATCTGGACGAAATTCAAAAGAAAGCGCGAAAAGGATCCCGAGTGATTTCTGGTGGATCTACATGACCTGATA > NC_007779/3203520‑3203994 | aCTGATTTTCGACGTTCTGAAAGGAATGTTGCCCGTCTGGGGCGCGTATGAATTAGGTGTCAGCCCCTTCTGGCTAGGCTTAATTGCCATCGCCGCCTGTCTTGGACACATCTGGCCCGTTTTCTTCGGATTTAAAGGAGGAAAAGGCGTTGCTACCGCTTTTGGTGCCATCGCACCCATTGGCTGGGATCTCACCGGAGTAATGGC‑GGGGACCCCGGTACTG‑ACCGTGCTATTGGGCg > 1:785187/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |