| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 365,732 | G→T | 14.6% | Q335K (CAA→AAA) | Y75_RS01775 ← | DNA‑binding transcriptional repressor LacI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 365,732 | 0 | G | T | 14.6% | 302.9 / 10.9 | 125 | Q335K (CAA→AAA) | Y75_RS01775 | DNA‑binding transcriptional repressor LacI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/85); new base T (17/2); total (38/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGGCCAGTGAATCCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGC‑CAACGCGCGGGGAGAGGC‑GG‑TTTG‑C‑G‑TATTGGGCGCCA‑GGGTGGTTTTTCTTTTCACCAGTGAGACGGG‑CAACAGCTG‑ATTGCCCTTCACCGCCTGGCCCT‑GAGAGAGTTGCAGCAAGCGGTCCACG‑CT‑GGTTTGCCCCAGCAGGCGAAAATCCTGTTTGATGGTGGTTAACGGCGGGATATAACATGAGCTGTCTTCGGTATCGTCGTATCCCACTACCGAGATATCCGCACCAACGCGCAGCCCGGACTCGGTAATGGCG > NC_007779/365502‑365970 | gCCAGTGAATCCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGC‑CAACGCGCGGGGAGAGGC‑GG‑TTTG‑C‑G‑GTTTgggg > 1:843472/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |