Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,205,094 | G→A | 23.9% | intergenic (‑182/‑25) | ttdR ← / → ttdA | DNA‑binding transcriptional activator TtdR/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_007779 | 3,205,094 | 0 | G | A | 23.9% | 161.5 / 21.9 | 106 | intergenic (‑182/‑25) | ttdR/ttdA | DNA‑binding transcriptional activator TtdR/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/64); new base A (10/13); total (29/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AA‑TTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTG > NC_007779/3204859‑3205326 | aaCGATGTTGACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGGCAGCTTTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTG‑AA‑TTTTGCCAGACa < 2:1326175/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |