Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 3,205,127 | C→G | 11.9% | S3R (AGC→AGG) | ttdA → | L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 3,205,127 | 0 | C | G | 11.9% | 205.9 / 9.3 | 107 | S3R (AGC→AGG) | ttdA | L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/66); new base G (8/4); total (28/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAA‑TTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGAAAGTAATAAGCAAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTC > NC_007779/3204892‑3205355 | tAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCTCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGTGAA‑TTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGCGa < 2:1540914/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |