Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 3,247,046 | T→C | 100% | G206G (GGT→GGC) | Y75_RS16115 → | DedA family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,247,046 | 0 | T | C | 100.0% | 448.1 / ‑6.7 | 132 | G206G (GGT→GGC) | Y75_RS16115 | DedA family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (78/53); minor base A (1/0); total (79/53) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TGGTCGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCTGACAACTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTCATGCCTGATGCTGCTCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGTTCTCTGGTCGTGTTATGGAAAAAGAAATATGGAAATCGGGGGTAAGGGATGCAAATACCTCGCATGTCGCTTCGCCAGCTAGCCTGGTCCGGCGCTGTTTTACTTCTGGTCGGCACGCTGTTGCTGGCCTGGTCCGCGGTTCGCCAGCAAGAGTCTACGCTGGCGATTCGTGCCGTTCATCAAGGCACAACGATGCCAGACGGTTTTTCAATCTGGCATCACCTTGACGCTC > NC_007779/3246812‑3247278 | cGCTTTATTGCGTTTGTCAGAACACTGCTGCCGACGATTGCCGGGTTATCAGGGCTGAATAACGCGCGCTTTCAGTTTTTCAACTGGATGAGCGGTCTGCTGTGGGTATTGATCCTGACAACTCTGGGTTACATGCTCGGCAAAACGCCGGTATTTTTAAAGTACGAGGACCAGCTGATGTCATGCCTGATGCTGCTCCCGGTGGTGCTGCTGGTGTTTGGCCTGGCAGGCTCTCTgg < 1:1224835/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |