| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 3,284,089 | T→C | 100% | V22A (GTG→GCG) | Y75_RS16320 → | PTS N‑acetylgalactosamine transporter subunit IIB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,284,089 | 0 | T | C | 100.0% | 440.6 / NA | 132 | V22A (GTG→GCG) | Y75_RS16320 | PTS N‑acetylgalactosamine transporter subunit IIB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (91/41); total (91/41) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CCCGATTAATATCGGGGAGTGCCTTAATGGAAAAGGAGATAACTAAACCTTAATAAATACATCACTACAATATCGCAACAATAATATATTTAAAAAAATTATATTATTCAACTTTATGGTGAGGATTACACAATGACCAGTCCAAATATTCTCTTAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTACCGCGGAAACCTACGGCTTTGGCATTCGTTTCTTTACTATCGAAAAAACCATTAACGTCATCGGCAAAGCTGCACCACATCAGAAGATCTTCCTGATTTGCCGTACGCCACAAACGGTACGTAAATTGGTAGAAGGTGGTATT > NC_007779/3283893‑3284324 | cccGATTAATATCGGGGAGTGCCTTAATGGAAAAGGAGATAACTAAACCTTAATAAATACATCACTACAATATCGCAACAATAATATATTTAAAAAAATTATATTATTCAACTTTATGGTGAGGATTACACAATGACCAGTCCAAATATTCTCTTAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGCGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGt > 2:191319/1‑239 (MQ=255) tGCCTTAATGGAAAAGGAGATAACTAAACCTTAATAAATACATCACTACAATATCGCAACAATAATATATTTAAAAAAATTATATTATTCAACTTTATGGTGAGGATTACACAATGACCAGTCCAAATATTCTCTTAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGCGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAAc > 1:93348/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |