| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 3,757,172 | G→A | 9.7% | G163S (GGT→AGT) | dnaA → | chromosomal replication initiator protein DnaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,757,172 | 0 | G | A | 9.7% | 534.6 / 36.1 | 191 | G163S (GGT→AGT) | dnaA | chromosomal replication initiator protein DnaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/108); new base A (7/12); total (71/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
GACGCAAACGCCACAAGCGGCAGTGACGAGCAACGTCGCGGCCCCTGCACAGGTGGCGCAAACGCAGCCGCAACGTGCTGCGCCTTCTACGCGCTCAGGTTGGGATAACGTCCCGGCCCCGGCAGAACCGACCTATCGTTCTAACGTAAACGTCAAACACACGTTTGATAACTTCGTTGAAGGTAAATCTAACCAACTGGCGCGCGCGGCGG‑CTCGCCAGGTGGCGGATAACCCTGGCGGTGCCTATAACCCGTTGTTCCTTTATGGCGGCACGGGTCTGGGTAAAACTCACCTGCTGCATGCGGTGGGTAACGGCATTATGGCGCGCAAGCCGAATGCCAAAGTGGTTTATATGCACTCCGAGCGCTTTGTTCAGGACATGGTTAAAGCCCTGCAAAACAACGCGATCGAAGAGTTTAAACGCTACTACCGTTCCGTAGATGCACTGCTGATCGACGATATTCAGTTTTTTGCT > NC_007779/3756934‑3757408 | gACGCAAACGCCACAAGCGGCAGTGACGAGCAACGTCGCGGCCCCTGCACAGGTGGCGCAAACGCAGCCGCAACGTGCTGCGCCTTCTACGCGCTCAGGTTGGGATAACGTCCCGGCCCCGGCAGAACCGACCTATCGTTCTAACGTAAACGTCAAACACACGTTTGATAACTTCGTTGAAGGTAAATCTAACCAACTGGCGCGCGCGGCGG‑CTCGCCAGGTGGCGGATAACCCTGGCg < 1:884333/239‑1 (MQ=255) aCGCAAACGCCACAAGCGGCAGTGACGAGCAACGTCGCGGCCCCTGCACAGGTGGCGCAAACGCAGCCGCAACGTGCTGCGCCTTCTACGCGCTCAGGTTGGGATAACGTCCCGGCCCCGGCAGAACCGACCTATCGTTCTAACGTAAACGTCAAACACACGTTTGATAACTTCGTTGAAGGTAAATCTAACCAACTGGCGCGCGCGGCGG‑CTCGCCAGGTGGCGGATAACCCTGGCg < 2:290739/238‑1 (MQ=255) cGCAAACGCCACAAGCGGCAGTGACGAGCAACGTCGCGGCCCCTGCACAGGTGGCGCAAACGCAGCCGCAACGTGCTGCGCCTTCTACGCGCTCAGGTTGGGATAACGTCCCGGCCCCGGCAGAACCGACCTATCGTTCTAACGTAAACGTCAAACACACGTTTGATAACTTCGTTGAAGGTAAATCTAACCAACTGGCGCGCGCGGCGG‑CTCGCCAGGTGGCGGATAACCCTGGCgg < 2:957055/238‑1 (MQ=255) cGCAAACGCCACAAGCGGCAGTGACGAGCAACGTCGCGGCCCCTGCACAGGTGGCGCAAACGCAGCCGCAACGTGCTGCGCCTTCTACGCGCTCAGGTTGGGATAACGTCCCGGCCCCGGCAGAACCGACCTATCGTTCTAACGTAAACGTCAAACACACGTTTGATAACTTCGTTGAAGGTAAATCTAACCAACTGGCGCGCGCGGCGG‑CTCGCCAGGTGGCGGATAACCCTGGCgg < 1:163706/238‑1 (MQ=255) cGCAAACGCCACAAGCGGCAGTGACGAGCAACGTCGCGGCCCCTGCACAGGTGGCGCAAACGCAGCCGCAACGTGCTGCGCCTTCTACGCGCTCAGGTTGGGATAACGTCCCGGCCCCGGCAGAACCGACCTATCGTTCTAACGTAAACGTCAAACACACGTTTGATAACTTCGTTGAAGGTAAATCTAACCAACTGGCGCGCGCGGCGG‑CTCGCCAGGTGGCGGATAACCCTGGCGGt < 1:1868981/239‑1 (MQ=255) tcAAACACCACAAGCGGAAGTGCACACCAACGTCGCGGTCCGTGCAGTGAGGGCGCAATAGGAGCCGCGAGGCGCTGCGCCTTCGACGCGCTCAGGTTGGGATAACGTCCCGGCGCCGGCAGAACCGACCGATCGTTCTAACGTAAACCGCTGACAGGCGTTTGATAACGTCGTTGAAGGTAAATCTAACCGACGGGCGCGCGCGGCGG‑ATCTCCAGGTGGCGGATAACCCTGGCGGt < 2:687483/237‑1 (MQ=255) gaaaaCGCCACAAGCGGCGGGGACGAGCAACGTCGCGGCCGCTGCACTGTTGGCGCAAACGGAGCCGCAACGTGCTGCGCCTTCTACGCGCTCAGGTTGGGATAACGTCCCGGCCCCGGCAGAACCGACCTATCGTTCTAACGTAAACGTCAAACACACGTTTGATAACTTCGTTGAAGGTAAATCTAACCAACTGGCGCGCGCGGCGG‑CTCGCCAGGTGGCGGATAACCCTGGCGGt < 2:632713/236‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |