| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 3,858,538 | C→G | 16.4% | P229R (CCG→CGG) | cysE → | serine O‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 3,858,538 | 0 | C | G | 16.4% | 269.5 / 10.7 | 125 | P229R (CCG→CGG) | cysE | serine O‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/43); new base G (2/20); total (61/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GCGGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTGCAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCA‑CCC‑GAAAATTCGTGAAGGTGTGATGATTGGCGCGGGCGCG‑AAAATCCTCGGCAATATTGAAGTTGGGCGCGGCGCGA‑AGATTGGCGCAGGTTCCGTGGTGCTG‑CAACC‑GGTGCCGCCGCATACCACCGCCGCTGGCGTTCCGGCTCGTATTGTCGGTAAACCAGACAGCGATAAGCCATCAATGGATATGGACCAGCATTTCAACGGTATTAACCATACATTTGAGTATGGGGATGGGATCTAATGTCCTGTGATCGTGCCGGATGCGATGTAATCATCTATCCGGCCTACAGTAACTAATCTCTCAATACCGCTCCCGGATACCCCAACTGCCGCCAGGCT > NC_007779/3858307‑3858772 | gcgGTATCATGCTTGACCACGCGACAGGCATCGTCGTTGGTGAAACGGCGGTGATTGAAAACGACGTATCGATTCTGCAATCTGTGACGCTTGGCGGTACGGGTAAATCTGGTGGTGACCGTCA‑CCC‑GAAAATTCGTGAAGGTGTGATGATTGGCGCGGGCGCG‑AAAATCCTCGGCAATATTGAAGTTGGGCGCGGCGCGA‑AGATTGGCGCAGGTTCCGTGGTGCTG‑CAACC‑GGTgccg < 1:275424/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |