Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 4,016,621 | A→G | 11.4% | intergenic (‑78/+12) | Y75_RS19850 ← / ← yhhH | hypothetical protein/protein YhhH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 4,016,621 | 0 | A | G | 11.4% | 399.4 / 34.2 | 140 | intergenic (‑78/+12) | Y75_RS19850/yhhH | hypothetical protein/protein YhhH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/45); new base G (10/6); total (88/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TAATACTCTGGCAGATGAAATCCTTTTCAAGGAATTGCGATCATCAAGTAAGCGAAATAATTCATCATCATTTAGTTTCTTACATTTATTATATAAACCATACTCTTTACTTGCCTTTCTTTTCTGGTATGTATTTGACATTGCAGGAACCTCCATAAAGGCTATCTTTTTCTATCGTTTGACTGTCTGGAGTCCTCCACCTACTCTGCCATCAGCGCACACGATGTTTGATTATCCTTACATACTTATTTTCCGTGGCCAAAATTCAGAATTCTCCCATCATTTTTGCCTATTTCTATAATAAAAACCCCACCAGCAATTTGGTCTGAGTGAATGGTACCTTCAACAACCCAACTTGTTGTTAACTCAGTGATTTCGTATGGTTTTTCTTCTTCTGCGGCATCCTGTCCATAACGATTCTTAACATATATCTCAGCTAATTCCAATGCTATAGCTTTATTTTTAACCAAA > NC_007779/4016388‑4016858 | tAATACTCTGGCAGATGAAATCCTTTTCAAGGAATTGCGATCATCAAGTAAGCGAAATAATTCATCATCATTTAGTTTCTTACATTTATTATATAAACCATACTCTTTACTTGCCTTTCTTTTCTGGTATGTATTTGACATTGCAGGAACCTCCATAAAGGCTATCTTTTTCTATCGTTTGACTGTCTGGAGTCCTCCACCTACTCTGCCATCAGCGCACACGATGTTTGATTATCCtt > 1:439046/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |