| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_007779 | 4,085,943 | A→G | 7.9% | G463G (GGT→GGC) | malT ← | HTH‑type transcriptional regulator MalT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,085,943 | 0 | A | G | 7.9% | 616.2 / 29.5 | 207 | G463G (GGT→GGC) | malT | HTH‑type transcriptional regulator MalT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (96/90); new base G (8/9); total (104/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CCCTTGGGCAAACAGAATTTCACTTTGCTGGATTAAACTCCACAAAGCGTAGTGCCAGACATCGTGCTGGCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAGCGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTTGCAGTGCAGCACT‑TCACCCAGCACCGAGGTTGCCACAATGCGGCTATAGAACCAGCCCGGCGGCAGCTCTTCCAGTGCCAGTTTTGCCAGCCGTTCCGCTTCATCCGGATTACCATCGTTAATCGCCACCTGGGCGCGCAGAGCGTTAAATTCTGCGTGCATGGTGTCTTCTCTGATGTCCTTGATTTCATGTTCAGCACGGGCTAGCAGGGTGTTAACTTCGCCGTAGCGATGTTGGCTTTGCATCAGCCACGCCTGCAATAACACCAACTGCGGATTTTCCAGCAAGCTGTCCCACGGCAGGGCCTTAAGCGACTCTTCCAGCAGCGACAGTTCGCTATGGTTGAACA > NC_007779/4085706‑4086181 | cccTTGGGCAAACAGAATTTCACTTTGCTGGATTAAACTCCACAAAGCGTAGTGCCAGACATCGTGCTGGCGTGCCATCTGTTCGGTTTGCTGCATTAGCGCCAGTGAGCGGGTCAATTCGCCTTTGCAGTGCAGCACT‑TCACCCAGCACCGAGGTTGCCACAATGCGGCTATAGAACCAGCCCGGCGGCAGCTCTTCCAGTGCCAGTTTTGCCAGCCGTTCCGCTTCATCCGGATTa > 2:891270/1‑238 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |