| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,099,913 | A→G | 100% | W33R (TGG→CGG) | feoB ← | Fe(2+) transporter permease subunit FeoB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,099,913 | 0 | A | G | 99.1% | 759.4 / ‑2.7 | 216 | W33R (TGG→CGG) | feoB | Fe(2+) transporter permease subunit FeoB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (120/94); total (121/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GAGTTCCAGCAGTTGTAGCGTCAGGTACAGGTTACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCAGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATAACGTTGTCTTGCCAGAATTTGGATTACCAATTAAGCCAATGGTTAATTTTTTCATTGTTGTTATCACCGTATTAACAGGAAACCGCTTCCACTTCTAATAAGGCCAGATCTTTTTTGCGTAATACCAGGCTCACACGACGGGTTTCGATATGAATGGGGTCGCCGAGTGGAGCGACGCGCACCACATT > NC_007779/4099677‑4100142 | gAGTTCCAGCAGTTGTAGCGTCAGGTACAGGTTACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGt < 1:410860/239‑1 (MQ=255)gAGTTCCAGCAGTTGTAGCGTCAGGTACAGGTTACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGt < 1:280044/239‑1 (MQ=255) tGTAGCGTCAGGTACAGGTTACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACg < 1:872034/236‑1 (MQ=255) gTCAGGTACAGGTTACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTg < 2:494015/238‑1 (MQ=255) aGGTACAGGTTACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGcc > 1:1104219/1‑239 (MQ=255) aGGTACAGGTTACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGcc > 1:1684950/1‑239 (MQ=255) aGGTACAGGTTACGCCCAAGGTTAAACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGGCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCGACCAGCGGGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTACCGCCAGCCCGGTTAACTACACGCCGACGTGAGcc > 2:1901198/1‑239 (MQ=255) aGGTTACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAg < 2:1313190/239‑1 (MQ=255) ggTTACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGa > 2:1780123/1‑237 (MQ=255) gTTACGCGCAAGGTTCGACTCATCGACCTCGTTAATTGGCATGTCGGGGCCGCCACGCAAAATGTAGTGCCAGGCGATTTGCTCACCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCCTCTTTACGTTCGACGGTAACGCTAGCCCGGTTACCTACACGCTCACGTGAGTAAGTGAGc < 2:556200/238‑1 (MQ=255) ttACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAg < 1:1370431/236‑1 (MQ=255) ttACGATCAAAGTTAGACGCAGCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAg < 2:1892365/236‑1 (MQ=255) tACGCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTgg < 2:730418/239‑1 (MQ=255) 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cGCTCAAGGATAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGtt > 1:798024/1‑239 (MQ=255) gCTCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTa < 2:922109/239‑1 (MQ=255) tCAAGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTaa < 1:928337/238‑1 (MQ=255) aaGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAAGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATa > 1:1397437/1‑239 (MQ=255) aGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAg < 2:751175/227‑1 (MQ=255) aGGTTAGACGCATCCACCACGTTAATCAGCAGGTCGGCGTCGCCACTCAAAATGTAGTGACAGGCGATTTGCTCATCGAGCGAGGTCTGCGATGAGATGGTGGTCAGAGAATAGGTGCCGGGCAGGTCCACCAGCGTGACCTGATGATCGGTGGTGGAGAATTGCCCTTCTTTACGTTCGACGGTAACGCCAGCCCGGTTACCTACACGCTGACGTGAGCCAGTGAGCTGGTTAAATa > 1:1545343/1‑238 (MQ=255) 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> NC_007779/4099677‑4100142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |