| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,249,861 | C→T | 100% | G50D (GGT→GAT) | malE ← | maltose/maltodextrin ABC transporter substrate‑binding protein MalE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,249,861 | 0 | C | T | 100.0% | 735.5 / ‑6.7 | 197 | G50D (GGT→GAT) | malE | maltose/maltodextrin ABC transporter substrate‑binding protein MalE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (91/104); total (91/106) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
TGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCAGGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCT > NC_007779/4249628‑4250093 | tGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCAGGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTATCGACt > 2:722355/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |