Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 4,262,675 | T→C | 100% | R448R (CGT→CGC) | dinF → | MATE family efflux transporter DinF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 4,262,675 | 0 | T | C | 98.7% | 425.2 / ‑3.7 | 124 | R448R (CGT→CGC) | dinF | MATE family efflux transporter DinF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (39/83); total (39/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGTCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCCGGCGGTAACTGGAAACAGTTTAAAGGTAAAGTGAAAGAGCAATGGGGCAAACTGACCGATGATG > NC_007779/4262439‑4262908 | cGCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCa < 1:602916/239‑1 (MQ=255) gCTATCTTATCTGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCAc < 1:1823101/239‑1 (MQ=255) tatctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCCCCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCa < 2:1166748/239‑1 (MQ=255) atctGGCAGGTGATTTTGCCGGTGGTTGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCaa < 1:1657339/239‑1 (MQ=255) tGGCGTCTGGTGTTATCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGa < 1:37100/238‑1 (MQ=255) tCTGCTGGACGGCATGTTTGTAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGa < 2:1661286/239‑1 (MQ=255) tCTGCTGGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCTTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGa < 1:1457130/239‑1 (MQ=255) tCTGCTGGACCGCATTTTTTTAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTATCAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGa < 2:1477686/239‑1 (MQ=255) tgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGaataaa < 1:1011883/239‑1 (MQ=255) tgGACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGaataaa < 1:1119817/239‑1 (MQ=255) ggACGGCATGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGaataaat < 1:673813/239‑1 (MQ=255) tGTTTATAGGCGCAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCa < 1:1614452/183‑1 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGTCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTg < 1:30587/238‑1 (MQ=255) cgcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTg < 1:972554/238‑1 (MQ=255) gcAACGTGGGCCACGGAAATGCGGAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGGGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCt < 2:602633/239‑1 (MQ=255) gcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCt < 1:716274/239‑1 (MQ=255) gcAACGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCt < 1:1565030/239‑1 (MQ=255) cggggggCCAGCGATAGGAGTAACGGTGAGGCGGTGGGTGCTGTAGGTGTTGCGCTGACGCTTCTTACGCTGCCGTGGGTGGGTAGTCATGCTTTGTGGCTGGCATTAAGCGTCTTTCTGGCGTTGGGCGGGCTTTCTGTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGAAACGTGACTGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGa < 2:1316031/232‑1 (MQ=255) aCGCGTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGAc < 1:649354/239‑1 (MQ=255) cgcgTGCCACCGAAATGCGTAACAGTATGGCGGTGGCCGCCGCAGGTTTTGCGCTGACGCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACt < 1:770010/239‑1 (MQ=255) 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gCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGAt < 1:1173696/239‑1 (MQ=255) gCTCCTTACGCTGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGAt < 1:1074169/239‑1 (MQ=255) gCTCCTTACGCGGCCGTGGCTGGGTAATCATGCTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGAt < 1:1636979/239‑1 (MQ=255) 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2:1764761/187‑1 (MQ=255) cTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTAct > 1:1764761/1‑187 (MQ=255) cTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGAt > 1:811116/1‑207 (MQ=255) cTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGAt < 2:811116/207‑1 (MQ=255) cTTTGTGGCTGGCATTAACCGTCTTTCTGGCGTTGCGCGGGCTTTCTCTGGCGGCTATCTGGCGGCGCCACTGGCGCAATGGTACCTGGTTTGCCGCAACGTGACGGTTAAAAATTCTGAATAAATAATCCTAAGCCAAATTGCTGACTACACTTAATCTCACGTTCAGAAGAAAAGTGAACGTACTCTCATTCACAACCTAACGATGAGGTCTTGATTATGAATAAAGATGAAGCcg > 1:553922/1‑238 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |