| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 4,562,036 | C→G | 10.0% | R122G (CGC→GGC) | iraD → | anti‑adapter protein IraD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,562,036 | 0 | C | G | 10.0% | 389.1 / 3.5 | 145 | R122G (CGC→GGC) | iraD | anti‑adapter protein IraD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/97); new base G (15/2); total (46/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ATTACTTGTTTCAGGCATGCCCGAGTGGCAAGTGCATAACCCGAGCGACAAACATCTCCAGAGCTGGTATTGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTT‑GGCGCAGTGCGACGCTGGAGAA‑TGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAG‑CGTTCGGCAACGGGATTCATGCGGGTATTCATCCGGTATGCAT‑AGGCCTGAATCGGGATCA‑CCAGTTCGTCCCGATTCAGTACAACGAGCTTCCCGCTGCGAATTTCTTGTTGGATGGCGTACTCCGGCAGCCAGGCAATCCCACAGCCGTCGAGGGCAACCTGCTTTAAAA > NC_007779/4561798‑4562272 | aTTACTTGTTTCAGGCATGCCCGAGTGGCAAGTGCATAACCCGAGCGACAAACATCTCCAGAGCTGGTATTGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGGT‑Ggc > 1:745402/1‑239 (MQ=255) ttACTTGTTTCAGGCATGCCCGAGTGGCAAGTGCATAACCCGAGCGACAAACATCTCCAGAGCTGGTATTGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACGGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTT‑Ggcg < 2:872684/239‑1 (MQ=255) ttGTTTCAGGCATGCCCGAGTGGCAAGTGCATAACCCGCGCGACAAACATCTCCAGAGCTGGTATTGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGACGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTT‑Tgcacca > 2:1915236/1‑234 (MQ=255) tGTTTCACGCAGGCCCGAGTGGGAAGTGCCTAACCCGAGCGACAAACGACACCAGGGCTGGTATTGCGGTCAGCTGCGTTCTGCACGGTTATTTCGTGAGCCGCGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACACTGGGGATCAGCCTTGGGATAATGCTGTATCAGGACGATGATCCGCGAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGGTT‑GGGGCAGTg < 2:1767273/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |