| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 4,574,132 | A→G | 100% | pseudogene (455/921 nt) | Y75_RS25100 → | Rpn family recombination‑promoting nuclease/putative transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,574,132 | 0 | A | G | 100.0% | 793.6 / ‑6.7 | 234 | pseudogene (455/921 nt) | Y75_RS25100 | Rpn family recombination‑promoting nuclease/putative transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (113/119); minor base T (1/1); total (114/120) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
ATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGAC‑GAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACAGAGTGTGCTAATGACAGCCAGATAACTGCGCTGTTAAATTACATTTTACTGACTGGCGATGAAGCGCGTTTTAATGAGTTTA > NC_007779/4573898‑4574365 | aTGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAgcgc > 1:1927171/1‑238 (MQ=255) aTGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGGGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCGCtg < 1:1080834/239‑1 (MQ=255) aTGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCTTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCGCtg < 1:992357/239‑1 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCGCtgg > 1:385518/1‑239 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGAATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCGCtgg > 1:96241/1‑239 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCAGATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCGCtgg > 1:171219/1‑239 (MQ=255) tgtgGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGGGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGCAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGCCGGATTTTCCGACCCGACTACCGCACCGAACCTTTATAGCCCCGCGGTTCCGCcgg > 2:1337527/1‑239 (MQ=255) tgggtgtgtGAACATCAGGGCCGCGGGGACTTTCTTTTGCCCTTTCGCCGGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATTTAGCGCCATATAGGGAATGATAAACGCCGGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCGCtggt < 2:1388512/231‑1 (MQ=255) ggtgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCGCtggtg < 1:1724268/238‑1 (MQ=255) gtgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCTTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATTTAGCGCCATATAGAGCATTATAAACGCCAGCCGCCACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAATCCTTACCCCTGGCCCCTGGTCTGGCTTGACGAATTTGCCCACCCGACTACCGCCCGGAAGCTTTATAGCGCCGCGGTCCCGCTGGTTGa > 2:158075/1‑239 (MQ=255) gtgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGGCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGGCCCGACTACCGGACGGCAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCgtcgggggg > 2:904454/1‑231 (MQ=255) tgATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCGCTGGTGGAt > 1:1226584/1‑239 (MQ=255) aTTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAGCGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGt > 1:871320/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |