Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 19,523 | A→G | 100% | Y268C (TAC→TGC) | nhaR → | transcriptional activator NhaR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 19,523 | 0 | A | G | 100.0% | 608.4 / NA | 172 | Y268C (TAC→TGC) | nhaR | transcriptional activator NhaR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (89/83); total (89/83) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
ACGGCGACTTTTGATTCCTGGGCGACGTTCAATGTTAGGGCGCAAATTGCTTAACTGGTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTACCATGCTATTTTTGCTGAGCGGATGATTCAGCACCCGGCGGTACAGCGAATCTGCAATACGGATTATTCTGCGCTTTTTAGTCCAGCGGTGCGTTAATCGGCAGCTCCCCCAAAGTTAAGGTGGGGGAGATAGATTA‑GTTGTACATTACCACGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAAT > NC_007779/19287‑19750 | cGGCGACTTTTGATTCCTGGGCGACGTTCAATGTTAGGGCGCAAATTGCTTAACTGGTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCa > 2:1911188/1‑239 (MQ=255) ggCGACTTTTGATTCCTGGGCGACGTTCAATGTTAGGGCGCAAATTGCTTAACTGGTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCAt < 1:1088582/239‑1 (MQ=255) gggCGACGTTCAATGTTAGGGCGCAAATTGCTTAACTGGTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCg < 2:1792359/239‑1 (MQ=255) cGACGTTCAATGTTAGGGCGCAAATTGCTTAACTGGTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAGTGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGga < 2:16137/238‑1 (MQ=255) cGACGTTCAATGTTAGGGCGCAAATTGCTTAACTGGTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAGTGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGga < 2:1703730/238‑1 (MQ=255) cGACGTTCAATGTTAGGGCGCAAATTGCTTAACTGGTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAGTGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGga < 2:1824832/238‑1 (MQ=255) cGACGTTCAATGTTAGGGCGCAAATTGCTTAACTGGTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGga < 1:445683/238‑1 (MQ=255) cGACGTTCAATGTTAGGGCGCAAATTGCTTAACTGGTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGga < 2:455805/238‑1 (MQ=255) 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ggTTTAACTCCCAGGGATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGAGCGATGCACTATGCAATCTTCGTTGCCTCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTAGTAGAAATGTGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGGATGATTCATCACCCGGCGGTACAGCGAATCTGCAAt < 2:1200751/239‑1 (MQ=255) ggTTTAACTCCCAGGGATTAAACCGAGAAAGCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGGATGATTCAGCACCCGGCGGTACAGCGAATCTGCAAt < 2:776292/239‑1 (MQ=255) ttAACTCCCAGGGATTGAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGGATGATTCAGCACCCGGCGGTACAGCGAATCTGCAATACg > 1:831722/1‑239 (MQ=255) 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gATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGCGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAGTGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGGATGATTCAGCCCCCGGCGGTACAGCGAATCTGCAATACGGATTATTCt < 1:1321471/236‑1 (MQ=255) gATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAGTGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGGATGATTCAGCACCCGGCGGTACAGCGAATCTGCAATACGGATTATTCTg < 1:349032/237‑1 (MQ=255) gATTAAACGTAGAAATCCTCGGCGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGGATGATTCAGCACCCGGCGGTACAGCGAATCTGCAATACGGATTATTCTgc < 1:469517/238‑1 (MQ=255) 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cGAGTTTGATGATGCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGCTGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTAGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCTGATGATTCAGCACCCGGCGGTACAGCGAATCTGCGATTCGGATTATTCTGCGCTTTTTAGTCCAGCGGTGCGt < 2:1328157/238‑1 (MQ=255) cGAGTGTGCAGAGGCCGCTTTGATGAAGGCTTTTGGTGGTATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAGACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAAGGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGGATGATTCAGCACCCGGCGGTACAGCGAATCTGCAATACGGATTATTCTGCGCTTTTTAGTCCAGCGGTGCGt < 2:1781457/238‑1 (MQ=255) tgatgCCGCTTTGATGAAAGCTTTTGGTGCGATGCACAATGCAATCTTCGTTGCCCCAACGCTTTATGCATATGACTTTTATGCCGATAAAACTGTCGTAGAAATTGGTCGCGTCGAGAATGTGATGGAAGAGTGCCATGCTATTTTTGCTGAGCGGATGATTCAGCACCCGGCGGTACAGCGAATCTGCAATACGGATTATTCTGCGCTTTTTAGTCCAGCGGTGCGTTAATCGGCAg < 2:390677/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |