Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_007779 | 629,410 | A→G | 10.0% | G98G (GGA→GGG) | cstA → | carbon starvation protein CstA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779 | 629,410 | 0 | A | G | 10.0% | 533.4 / 6.2 | 211 | G98G (GGA→GGG) | cstA | carbon starvation protein CstA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (77/103); new base G (5/23); total (84/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
TGCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTG > NC_007779/629173‑629647 | gCTCTGGGATACATTGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGCGGCCATTGCCGGAGc < 2:704824/239‑1 (MQ=255) aTTGCTTTAAATCTTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGACTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGCTCCGACGCGTAGGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCtggt < 2:294103/239‑1 (MQ=255) ttGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCtggtg < 2:769701/239‑1 (MQ=255) tGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGGTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGCCGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCtggcgg > 1:1369349/1‑239 (MQ=255) tGCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACCCGGATGATGCCAGCGGAGCGCCATAAAGAAGGGGTGGACTATGTGTCGCCGGACAAGAAAAGGGTGTTAGGGCACCCTTT‑TTCGGCCATTGCCGGTGCAGGGGCGgtggtgt > 2:368094/1‑238 (MQ=255) gCTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTggg < 1:613158/239‑1 (MQ=255) cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTgggg > 1:375287/1‑239 (MQ=255) cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTgggg > 1:1296165/1‑239 (MQ=255) cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCGACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGCTGGACTATGTGCCGACGGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGCGGCCATTGCCGGAGCAGGGCCGCTGGTgggg > 1:461700/1‑239 (MQ=255) cTTTAAATCGTGGGGAACAGATCAACGCGCTGTGGATTGTGGTGGCGTCGGTCTGTATCTATCTGATCGCTTACCGTTTTTATGGGCTGTATATCGCCAAAAATGTGCTGGCGGTTGACCCCACGCGTATGACGCCAGCGGTGCGCCATAACGACGGGGTGGAATATGGGCCGACGGAGCAGAAAATGCTGTTCGGTCACCATTT‑TGGGGCCCATGCCGGAGGCGGGCCGGCGGTgggg > 2:496319/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |