| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 783,159 | A→G | 13.8% | Y218C (TAC→TGC) | nadA → | quinolinate synthase NadA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 783,159 | 0 | A | G | 13.8% | 403.8 / 43.5 | 155 | Y218C (TAC→TGC) | nadA | quinolinate synthase NadA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/77); new base G (6/15); total (61/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-02 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AACACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTCCACCAGTCAACTGATCGCTGCTGC‑GAAAACATTGCCACATCAGAGGCTTA‑TTGTGGCAACCGATCGGGGTATTTTCTAC‑AAAATGCAGCAGGC‑GGTGCCAGAT‑AAAGAGTTACTGGAAGCACCAACCGCAGGTGAGGGTGCAACCTGCCGCAGCTGCGCGCA > NC_007779/782927‑783393 | aaCACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATGCCCGGa < 1:1935752/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |