| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 838,200 | C→T | 100% | A50T (GCC→ACC) | Y75_RS04180 ← | DUF1471 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 838,200 | 0 | C | T | 99.9% | 674.0 / ‑7.2 | 203 | A50T (GCC→ACC) | Y75_RS04180 | DUF1471 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); major base T (102/93); minor base G (2/2); total (107/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GACGTAGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTA‑CCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGCATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGCCGATTTTATTCATGTTCTGT‑GCCTGGGATGCCGTTACCGGTTCCGCCGCGAACACGCCAAATGACAGAGTTGAAAGAGCCATAGCAGCAACAACAGTATTGATAGTTTTCATAATTAATCTCTCGCAGGTGATTTTTGTATAAGTGACGTTGTTTCGTCGATGTGATGAGTATCACGTTTTTTTACGAGAGATAAAA > NC_007779/837965‑838432 | aGCGTAAACGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTA‑CCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGTATCGAgg < 2:583515/238‑1 (MQ=255) aaaCGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTA‑CCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGTATCGAGGGTGGAt > 2:68640/1‑239 (MQ=255) aaaCGCCTGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTA‑CCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGTATCGAGGGTGGAt < 1:1552930/239‑1 (MQ=255) tGATCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTA‑CCGCTTAATTTATTGTTGTTGCTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCCCTTCCAGGGTATCCGGTGGGGATGCGCCAt > 2:279590/1‑239 (MQ=255) tGATACATCCAACGGTTCGGGTTTTGTAGGCCCGATAAGACGCGATATCGTCGCGTCAGGCATCTGTTCCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCGTACGAGTTACTTATAAATTACCGCAGTA‑CCGCTTACTTTATTGTGGTTGGTGGCGGGAGTGATGTTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTGTCTCAGACAGTTTCCCTTCCAGGGTATCGAGGGTGGATGCGCCa > 2:213972/1‑238 (MQ=255) aTCCGTCCAACGGTTCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTAGCGTCGCATCAGGCATCTGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTACCGCAGTA‑CCGCTTAATTTATTGTTGTTGGTGGCGGAAGTGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGTATCGAGGGTGGATGCGCCATCg > 1:345237/1‑239 (MQ=255) tCGGATTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGGTGGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGTCCTACGAATTACTTATAAATTCCCGCAGTA‑CCGCTTAATTTATTGTTGTGGGTGGCGGAAGGGATGCTGTATCCACTGGCACCGGCTGCCGCGGCTTTCTCAGCCAGTTTCGCTTCCAGGGTATCGAGGGTGGATGCGCCATCGGCAGAAACCACGc < 2:39657/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |