| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779 | 1,065,700 | C→T | 100% | R415C (CGT→TGT) | Y75_RS05220 → | YccE family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,065,700 | 0 | C | T | 100.0% | 755.7 / ‑6.7 | 193 | R415C (CGT→TGT) | Y75_RS05220 | YccE family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (103/89); minor base A (1/0); total (104/89) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTTCAGATAGCATTTGCTCATTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCATCAATCTCCTTGGGGAATGAATCCTTTTCAACAGATGAAGATCTTGAGTATGGTTATTTAATGAACACTGGCAATCATTATGACGTTTACCTCCCTCCTGAACTTTTTGCTCAGGCTTACAAGTTAAACAATAAGGAAATGAATGCGCAACTCGACTATTTAAATCGTTATGCAATTTAATGGCAAAGGCATATGCTAAAAACCATTGTTATTAGTCTCACACTTTTTTATTGGTAAATATTGTCTCTGTATTGGTAACGCCGCAGATATTCTGTTTAGCCACAGGTGCAATTATCAGCGGCGTACGCGAGGCAGGGGCTAATCAGGCATAGTTTGCGTCAAACCTTGCCTGTTTTTGAAGATGTATATAGAAAAACAGGCGTTCAACAAGCCATTTTGCG > NC_007779/1065466‑1065935 | gTGAAGAATTTTCTTGTTGTTCTTTCAGATAGCATTTGCTCATTATTTATTGTTAATAGTAATGTGGCATCAATCTCCTTGGGGAATGAATCCTTTTCAACAGATGAAGATCTTGAGTATGGTTATTTAATGAACACTGGCAATCATTATGACGTTTACCTCCCTCCTGAACTTTTTGCTCAGGCTTACAAGTTAAACAATAAGGAAATGAATGCGCAACTCGACTATTTAAATTGTTa > 2:159082/1‑239 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |