| New junction evidence | |||||||||||
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| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
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| ? | NC_007779 | 4370787 = | 4 (0.020) | pseudogene (667/1304 nt) | Y75_RS21600 | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter | |||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
GAGTGTAGTTCCGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTG‑TCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCT‑AATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAT‑GACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCGCTGCGTATATCGCTTGCTGATTACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGGGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCCATATCACC > NC_007779/4055983‑4056454 | tgtAGTTCCGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTG‑TCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCT‑AATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa > 2:84170/1‑239 (MQ=255) 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tAGTTCCGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTG‑TCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCT‑AATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAT‑g > 2:812018/1‑239 (MQ=255) tCCGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTG‑TCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCT‑AATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAT‑GACt < 2:1056642/238‑1 (MQ=255) ccGTTGTAAGTTTTTCCATAGCTTGCACTGCTAAATTTCGAACAAGGAATTTTCTGCTGGTAATCTCTAAAAAGATGGCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTG‑TCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCT‑AATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAT‑GACTcc > 2:2124115/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |